朱熹对南宋书院的勃兴起了至关重要的作用。影响最大的举措是复兴白鹿洞书院，关心其他书院；总结书院教育的经验，完善书院教育制度；以书院为基地推ｉｂ.动理学各学派的学术论争和交流，扩大书院的社会影响；鼓励和支持弟子门人广建书院，传播理学思想。这些活动，对南宋书院的勃兴做出了重要贡献。
(1)复兴白鹿洞书院
白鹿洞书院在宋初已是闻名天下的四大书院之一。但自皇祐六年(公元1054年)废毁之后，竟然仅存瓦砾榛荆、茂草荒丘，屋宇损其七八，遗迹难辨了。
淳熙六年(公元1179年)朱熹受命差知南康军。上任伊始，即出榜征询有关陶潜、刘涣、洪氏义门雷塘书院，以及白鹿洞书院遗址，以便“别行措置”。榜文称：“按图经，白鹿洞学馆，虽起南唐，至国初时犹有旧额，后乃废坏，未悉本处目今有无屋宇。”
同年秋天，朱熹亲自察看了白鹿洞书院遗址。看到那里山青水秀，幽静清雅，“无市井之喧，有泉石之胜”，确是一处隐居、读书、讲学、著述的好地方，于是断然决定尽快加以修复。随即发牒分派军学教授、星子县知县筹措兴复事宜，并上书朝廷，奏明复兴的理由和计划。他在奏折中指出：
庐山一带老佛之居以百十计。其废坏无不修葺。至于儒生旧馆只此一处。既是前朝名贤古迹，又蒙太宗皇帝给赐经书，所以教养一方之士，德意甚美，而一废累年，不复兴起，吾道之衰既可悼惧，而太宗皇帝敦化育才之意亦不著于此邦，以传于后世。尤长民之吏所不能不任其责者。其庐山白鹿书院合行修立。 (《白鹿洞书院志》卷二)
朱熹的奏议，最初并未引起皇帝重视，于是再次呈奏。奏文反复强调复兴白鹿洞书院的意义和理由。
考此山(指庐山)老佛之祠，盖以百数，兵乱之余，次第兴葺，鲜不复之旧者，独此儒馆莽为荆榛。虽本军(指南康军)已有军学，足以养士。然此洞之兴，远自前代，累世相传，眷顾光宠，德意深远，理不可废。况境内观寺，钟鼓相闻，殄弃彝伦，谈空说幻，未有厌其多者，而先王礼乐之官，所以化民成俗之本者，乃反寂寥稀阔，合军与县，仅有三所，然则复修此洞，盖未足为烦。 (《白鹿洞书院志》卷二)
今老佛之宫遍满天下，大都至逾千计，小邑亦或不下数十，而公私增益，其热未已。至于学校则一郡一邑仅一置焉，而附郭之县或不复有。盛衰多寡之相绝，至于如此，则邪正利害之际，亦已明矣。 (《白鹿洞书院志》卷二)
朱熹奏文，在反复申诉复兴书院的理由和愿望中，字里行间，流露出对朝廷和各级官府只重佛道，关心寺观，而尊儒不力，忽视书院的委婉批评。同时对佛道泛滥、寺观遍立而危及儒学地位的状况深感不安，从而表达出决意与之抗衡的紧迫感和焦虑心情。
朱熹的建议和计划并未得到朝廷的支持，反而遭到了讥笑和反对，“朝野传喧以为怪事”。
尽管如此，朱熹仍然冲破各种阻力，依靠地方力量着手进行修复工作。
淳熙七年(公元1180年)三月，仅仅用了半年时间，书院初步修复。朱熹率领军、县官员同书院师生一起，祭祀先圣先贤，举行了开院典礼，讲授《中庸首章》。
朱熹在南康任职期间，为白鹿洞书院修建屋宇十余间，并拟定了修建礼圣殿(大成殿)和扩大斋舍的计划。
朱熹认为购置学田，是书院维持和进一步发展的“久远之计”，所以十分重视学田建设，制定了购置学田的计划，并筹集了部分资金。
朱熹还通过多种途径为书院收集图书。白鹿洞书院修复后，朱熹曾向南康军各官府衙门发布文告征集图书。收集到的图书，有的加上跋语，有的刻石为记，以便久存。当时清江刘仁季曾将其先人所收藏的《汉书》四十四通赠送给朱熹，朱熹遂转送新落成的白鹿洞书院，“使之藏之，以备学者看读”。
朱熹在修复和主持白鹿洞书院的工作中，有两个举措影响最大。
其一，亲手拟订《白鹿洞书院揭示》，也称《白鹿洞书院教条》、《白鹿洞书院教规》、《白鹿洞书院教约》、《白鹿洞书院学规》，对书院教育的制度化、规范化起了决定性的作用，《白鹿洞书院揭示》总结前人创办书院的宝贵经验，又吸收了佛教禅林清规的长处，明确了办学宗旨、培养目标、为学之要、待人接物、应事处世的基本要求，形成相当完整的书院建设纲领性规章。成为当时和后世书院争相仿效和履行的标准化规约。
《白鹿洞书院揭示》本文内容如下：
父子有亲，君臣有义，夫妇有别，长幼有序，朋友有信。右五教之目。尧舜使契为司徒，敬敷五教，即此是也。学者学此而已。
而其所以为学之序，亦有五焉。博学之，审问之，慎思之，明辨之，笃行之。右为学之序。学问思辨四者，所以穷理也。若夫笃行之事，则自修身以至于处事、接物，亦各有要，其别如左：
言忠信，行笃敬，惩忿窒欲，迁善改过。
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