纠正或弥补科举考试的弊病和不足，并非有意抑制书院的发展。但朝廷重在兴办官学，减少了对书院的关注。而官学在一定程度上的发展，缓解了读书士子“无所向学”的矛盾，书院处于自生自灭，少有人过问的境地，从而导致了北宋书院长期沉寂。王袆〔hui挥〕在《游鹿洞记》一文中竟说：“书院至崇宁末乃尽废。”这是王袆面对北宋书院沉寂发出的感叹。三次兴学未必造成书院尽废，有些书院废毁也不一定全与兴学有关，但在长达80余年的三次兴学运动期间，书院确确实实是沉寂了。
兴学运动与书院的沉寂是北宋教育发展史上的极富思考价值的教育问题。它提醒人们，特别是主持教育决策和指导责任的官府，怎样处理好官学与私学的关系，特别是在文教建设方针和工作重点转移时，如何避免顾此失彼，是很值得后人思考的。
兴学运动客观上造成书院沉寂，但沉寂不能说“尽废”。同样，北宋书院并未“尽废”，也不能说北宋兴学期间和兴学以后的书院比宋初还要发达、兴旺。
北宋书院从数量上看，从庆历兴学至北宋末的书院和宋初相比还是有所增加，部分地区增加的数字还不算少，例如：江西共有书院40余所，建于庆历兴学以后的约占3/5；浙江共有书院30余所，建于庆历兴学以后的约占80%；湖南共有书院十余所，建于庆历以后的约占60%。但宋初只有40余年，庆历以后的北宋有120余年，相当于宋初的三倍，而且宋初战乱仍未平息，社会经济生活遭受长期破坏，在百废待兴、百业待举的局面下，书院发展到近40余所，确属兴盛之势。庆历兴学后的百余年，社会相对稳定，经济有所发展，书院发展有了更好的思想文化条件和经济物质基础，却只建书院不足百所。关键在于朝廷的政策导向，重视了官学而忽视了书院，书院与官学相比，北宋中后期的书院与宋初相比，明显地呈现出沉寂之状。
考察书院发展的态势，不仅看其数量多寡，主要看其在社会上的地位和影响。庆历兴学前书院和其他形式的民间或私人办学影响极大，几乎成为当时教育的主导形式，对教育发展起着支配作用。而庆历兴学后，各级官学明显地成为教育的主体，书院的地位和影响大为下降了。所谓书院沉寂正是指其地位和影响不像宋初那样显赫了。
北宋兴学期间和兴学运动之后也建有一些书院，但无太多特色，无太大的影响，都不如宋初的书院那样闻名于世。宋初闻名于世的著名书院在兴学运动之后也再未显示其辉煌业绩，有的甚至多次遭废弃之祸。这也反映了人们对书院的关注程度大为降低了。