公元8至11世纪之间，印度密宗传入西藏，与西藏当地的苯教在斗争中相结合，逐渐形成一种新的西藏宗教，称“藏密”。因藏语尊称僧侣为喇嘛，所以俗称喇嘛教。喇嘛教派别众多，有俗称的花教、红教、白教、黄教等。
花教即萨迦派，元朝时势力最盛。花教首领八思巴得到忽必烈重用，被封为国师，负责管理全国佛教事宜和藏族地区行政事务。八思巴以吐蕃字母为基础创制了八思巴文，为促进汉、蒙、藏文化交流作出过重要贡献。西藏的萨迦寺是驰名中外的花教寺庙，属于西藏少有的藏书和写经中心。红教崇信旧密咒，创建于十二三世纪；白教重视口授密法，元末发展到鼎盛时期。
黄教即密教格鲁派，15世纪初由宗喀巴创立。人们因该派僧人穿戴黄色僧衣僧帽，故称之为黄教。黄教确立了佛教寺院森严的等级制，一切权力集中在后世习称的班禅和达赖喇嘛两个最高教主之手。就教阶而论，班禅高于达赖，但因明清以来赋予达赖世俗政权权力，所以达赖的实际声望和影响超过了班禅。达赖住在布达拉宫，班禅住在日喀则的扎什伦布寺。明清时期，黄教在西藏、青海和蒙古等地得到广泛传播，建立了许多寺院。
黄教的寺庙称为喇嘛庙，一般由经堂、佛殿、噶厦、扎仓与康村几个部分组成。经堂用来诵经，佛殿用于供佛，噶厦用来办公，扎仓为附设的佛教学院，康村则是喇嘛僧舍。小型喇嘛寺为方形四合式碉楼， 平面布局与藏族民居大体相似。大型喇嘛寺的布局则各具特色。有轴线的喇嘛寺，多建于河谷、山间的平缓地带，主体建筑居中，附属建筑或呈十字展开，或居四角，以方或圆的形状均匀对称分布，与佛教五方四天之说相对应。无明显轴线贯穿的喇嘛寺，多依山势走向高低建筑，房屋建筑多以白色为主调。布局错落自然，杂而有序。主要建筑跨度大，装饰力求精美繁富。黄教寺院以西藏的扎什伦布寺、色拉寺、哲蚌寺、甘丹寺和青海的塔尔寺、甘肃的拉卜楞寺最为著名，被称为黄教六大寺。
扎什伦布寺在今西藏日喀则市南尼色日山下，明正统十二年(公元1447年)由一世达赖主持兴建。“扎什”藏语意为“吉祥”、“福寿”，“伦布”梵文音为“须弥山”，意即堆集。“扎什伦布”即“吉祥的堆集”。明末四世班禅掌权后，扎什伦布成为历世班禅举行宗教和政治活动的中心，为格鲁派第四大寺。
寺院依山傍水，周围筑有城垣，方圆约2公里，内设脱桑林、夏孜、吉康、阿巴四大扎仓(经学院)，有殿堂数十处，层楼重叠，金顶碧瓦，巍峨庄严。寺内收藏的佛像、唐卡、刺绣、珍玩、供器、瓷器等极为丰富。其豪华可与布达拉宫媲美。其中有明清两代皇帝颁发的大量金玉印章、封诰敕书及镌刻着八思巴文的元代“大司徒印”印章，有形象生动、风格迥异的壁画，有银皮包裹、镶嵌各色宝石的辉煌灿烂的历世班禅灵塔，这些都是研究西藏宗教和藏汉关系史的重要资料。
甘丹寺，又名噶丹寺，在今拉萨东面约60公里的达孜县境内，明永乐七年(公元1409年)由宗喀巴兴建，为格鲁派的第一座寺院。全寺由措钦大殿、扎仓、康村(佛殿名)、米村(佛殿名)以及佛堂僧舍等50多座建筑组成，群楼重叠，气势雄伟，寺院规模相当于三个布达拉宫。甘丹寺僧人定额为3300人，宗喀巴的法座继承人、历世格鲁派教主甘丹赤巴即居于此寺。寺内藏有许多明代以来的文物和工艺品，还保存着宗喀巴的遗体和历代甘丹赤巴的遗体灵塔。
哲蚌寺在今拉萨西北10公里处，建于明永乐十四年(公元1416年)。全寺依山而起，联成一座山城，又以白色为主调，远望犹如雪白的米堆，于是即以“米堆”为名，音译成汉语即“哲蚌”。哲蚌寺由果芒、罗色林、德央、阿巴四个扎仓和措钦大殿、甘丹颇章宫、康村等建筑组成。1951年以前僧人曾逾一万，是喇嘛教最大的寺院。正殿措钦大殿，面积1850平方米，可同时容纳六、七千人。甘丹颇章宫，是二世到五世达赖移居布达拉宫之前的宫室。五世达赖时，这里还一度成为西藏地方政权的中心。所以历世达赖都以此寺为母寺。寺内扎仓规模大于其他寺庙，藏书丰富。这里收藏着丰富的历史文物、佛教经典和工艺美术品，其中以三部《甘珠尔经》最为珍贵。
色拉寺在今拉萨北五公里处，建于明永乐十六年(公元1418年)，依山面河，规模宏大。全寺由措钦大殿和结巴、满巴、阿巴三个扎仓组成，1959年时寺僧达到9000人。措钦大殿的弥勒等铜铸佛像，造型精美，风格近似尼泊尔和印度特色。
甘丹寺、哲蚌寺和色拉寺合称为拉萨三大寺。
塔尔寺在今青海湟中县鲁沙尔镇西南隅，始建于明嘉靖三十九年(公元1560年)，得名于大金瓦寺内纪念宗喀巴的大银塔。整个寺院依山势起伏，由大金瓦寺、小金瓦寺、小花寺、大经堂、九间殿、如意宝塔、太平塔、菩提塔、过门塔等大小建筑，组成完整的汉藏结合的建筑群。
大经堂是塔尔寺宗教组织的最高权力机构所在地，为藏式平顶建筑，面
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