下这样关怀爱护中国留学生呢？这是与他热爱和尊崇中国文化分不开的。在藤野先生后来在《忆周树人君》的文章中谈到“我年幼时在毕业于福井藩校的野坂先生那里学过汉学，所以有一种在尊敬中国圣贤的同时，也应当爱护那个国家的人们的心情。”
周树人在考试中取得较好成绩和藤野先生对周树人的关心爱护，引起一些受军国主义思想毒害而对中国人持有偏见的日本学生的嫉妒。他们竟造谣说解剖学试题是藤野先生预先在他的讲义上作了记号，还给他写了匿名信，并要检查他的笔记。对此鲁迅后来在《藤野先生》一文中愤慨地写道：“中国是ib.弱国，所以中国人当然是低能儿，分数在六十分以上，便不是自己的能力了，也无怪他们疑惑。”而使他受到更大刺激的则是二年级的细菌学课上放映的关于日俄战争的幻灯片。其中竟有中国人给俄国人当探子，被日军捕获将要处死，而一群中国人却在四周围观的画面。受军国主义影响的日本学生看了还鼓掌欢呼万岁。这给鲁迅极大的震动，原来以为学医可以医治中国人的疾病，现在才认识到一个国家的人民，如果没有思想上的觉醒；即使身体再健壮，也只能成为杀头示众的材料和麻木不仁的看客。所以鲁迅决定放弃学医，而用文艺作武器来启发中华民族的觉醒，改造国民的思想。因此，当1906年春第二学年结束后，鲁迅便毅然从仙台医专退学。
鲁迅离开仙台前，铃木、杉村等同班同学为他开了送别会，并合影留念。藤野严九郎先生也特地请他到自己家里去，并送他一张照片，在背面题上“惜别”两字。鲁迅在东京从事革命文学活动三年后，于1909年8月回国。他始终珍藏着藤野先生的照片，而且把这张照片挂在自己书桌对面的墙上，“每当夜间疲倦，正想偷懒时，仰面在灯光中瞥见他黑瘦的面孔，似乎正要说出抑扬顿挫的话来，便使我忽又良心发现，而且增加勇气了。”这张照片现在也保存在北京鲁迅博物馆里。鲁迅还写了《藤野先生》一文，高度评价藤野先生的高贵品质，文中写道：“在我所认为我师的之中，他是最使我感激，给我鼓励的一个”，“他的性格，在我的眼里和心里是伟大的。”(《鲁迅全集》第二卷)
鲁迅和藤野先生自仙台分别后，未见过面也未通过信，但是彼此都没有忘记，都在想念对方。鲁迅晚年向日本朋友写信时，曾多次打听藤野先生的下落，可是一直杳无音信。而藤野先生也直到1936年鲁迅逝世后才知道自己学生的消息。在他写的《谨忆周树人君》的文章中说道：“我对周君的一点帮助，他就那么感动，把我写在书里，称我为恩师，把我的照片挂在自己的房间里，至死还想知道我的消息。那时我要是知道鲁迅即周树人，是位有名的大文豪，我给他去封信，他该多么高兴啊！现在是没有办法了，实在遗憾！我因为住在农村，社会上的事一点也不知道，前几天在报纸上读到了鲁迅逝世消息，深感悲痛……在此谨对因我的一点点照顾那样感恩不尽的周君之灵，表示深切的哀悼，同时祝他家属身体健康。”藤野严九郎先生于1945年8月去世。
1960年，日本人民为了永远纪念鲁迅这位曾在仙台留学过的中国文豪，在广濑川畔青叶山下风景秀美的地方，建立了一座鲁迅纪念碑。1964年，日本朋友又在藤野先生的故乡福井市足羽山山巅上建立了一座藤野先生纪念碑。把藤野先生赠给鲁迅的那张照片头像和“惜别”两字放大后刻在石碑上，碑文“藤野严九郎碑”六字乃是鲁迅夫人许广平女士所题。这两座纪念碑，既是记载着中日两国人民友谊的珍贵的纪念碑，也是两国人民世世代代友好下去的里程碑。