唐样书法(中国风格书法)第一人的北岛雪山就是他的学生。
中国明清画风也因隐元及其弟子的介绍传播到日本。黄檗僧人中画家林立，黄檗画风以人物画像为主。17世纪后半期到18世纪上半期，被称为黄檗画像的人物肖像画在长崎十分流行。这些画像侧重写真，脸部有明暗阴影，具有立体传神之妙，饶有西洋写实技法的意境，在日本绘画史上别开生面。
随着书法绘画的发展也推动了日本篆刻和印刷业的进步。隐元的徒弟独立、高泉等善于篆刻并把技法传授给长崎高天漪等弟子。黄檗第15世大鹏正鲲著有《印章篆说》，在日本流传很广。黄檗僧人刻印的各种佛像也非常精美，如《观音图》、《地藏图》、《五百罗汉图》等，均栩栩如生。隐元的徒孙铁眼道光还于1681年募款刻印6956卷《大藏经》，即所谓黄檗版大藏。
在建筑雕塑艺术方面，宇治黄檗山万福寺和长崎唐三寺、各地黄檗宗寺，均由渡日中国僧人设计与监工建筑，并采用纯粹的明清建筑式样。宇治万福寺巍峨雄伟，可称得上日本建筑史上的一颗明珠。长崎崇福寺的三门据记?载是在中国由工匠雕成后再运到日本装配起来的。供奉在黄檗宗各寺的佛像也大多出自中国雕塑师之手。如应隐元招聘渡日的福建泉州人范道生为万福寺雕塑的达摩等佛像被日本人视为国宝。黄檗山的十八罗汉像也具有典型的中国雕塑风格。1663年，隐元72岁寿诞时，诸弟子请范道生用西域木刻成隐元坐像，现存万福寺开山堂。还如福建漳州人方三官也雕了许多佛像，被誉为日本唐风佛工之祖，长崎福济寺法堂本尊观音像就是他的杰作。
隐元及其弟子在中日医药交流方面也有贡献。如隐元的高徒独立性易，俗姓戴，名笠，字曼公，杭州人，曾从名医学医，1654年已经59岁时投拜隐元为师。他的医术很高明，尤长于痘科，被日本人奉为神医。他还把自己的医术传授给日本弟子池田正直等人，所传医书有《生理病理图》等七种，及《痘科键》等六部。此外，黄檗僧人化林、心越、澄一等人，亦通医学，并把医术传授给日本医生。
隐元东渡时还带去一些中国植物种子，如在日本民间家喻户晓的“隐元豆”(扁豆)、“隐元莲”(莲花)、“隐元豇豆”等。黄檗僧人的日常生活长期保持中国方式，对日本人的生活方式也起到潜移默化的影响。他们常吃的中国式食品如胡麻豆腐、隐元豆腐、黄檗馒头等，也传入日本寺院和民间。宇治万福寺前的白云庵也是传布日本各地的中国风格净素烹饪“普茶料理”的发源地。
中国僧侣东渡，对日本文化产生重大影响的代表人物，在唐代有鉴真和尚，在明清之际则有隐元禅师。隐元受到中日两国人民的崇敬和纪念。正如杜立德撰《普照国师塔铭》所赞颂：“师两开黄檗，应化西东，现身说法，四十载间。上自皇帝宰相，远及东国王臣，下及士庶工商，僧俗男女，罔不景仰瞻依，倾心向化。自唐宋以来，未有若斯其盛。”