中国古代书院，自唐末五代，经宋、元、明、清，延续1000余年，在中国封建社会中后期学术文化思想和教育培养人才方面产生过重大影响，形成了一套优良的传统，积累了宝贵的经验，作出了重要的贡献。然而在清末中日甲午战争之后，随着西方列强入侵，民族危机日益加深。在西学东渐的刺激下，学习西方，富国强兵，救亡图存的革新浪潮日高。封建教育日趋腐败，书院教育也“弊已积重，习亦难返”，不改革已无出路。
早在甲午战争之前，有识之士，如郑观应、汤震就曾提出“仿照泰西程式”改革书院的主张。甲午战争之后，改革书院的呼声和行动更加强烈和普遍。
甲午战争，中国惨败，中国人民在痛苦中惊醒，要自强必变法，欲变法关键在兴学育才，已成为国人的共识。而广立学校，“所费必多”。有人指出：“今国家正值患贫，何处筹此巨款？”人们很自然想到，改革书院，利用书院已有的基础和条件，以实现尽快兴学育才的目的，不失为一大良策。当时，全国各省及府州县都设有书院，“多者十数所，少者一二所”，并且各有经费，这样，“因旧增广，则事顺而易行，就近分筹，则需少而易集”，对现有书院进行改革，或加以变通整顿，或直接改为学堂，无需更多经费，同样可以尽快实现兴学育才的目的，这是一条“兴学至速之法”。
清末书院自身的颓败，自然是书院改革的内在根据。清代书院除少数独具特色的之外，绝大多数变成科举的附庸，“书院专究制艺，不务实学，乃一无足称矣”。各书院师资猥杂，多为滥竽充数之辈，书院“所延多庸陋之师”，“以疲癃〔long龙〕充数”，“惟以脩脯为事”，“未尝奉教一言”，“经史子集诗赋古文之旨，茫无所解。”结果造成“学生无所问难，院规无所整肃，士习由此败坏。”书院生徒“往往专为膏火奖赏而来”，忘本逐末，“动辄计较锱铢，忿争攻讦，颓废无志，紊乱学规，剽袭冒名”。书院已远非育才之所，反而助长恶习，损德毁行，丧失了兴学育才的作用，因此，改革书院已是势在必行之举了。
最早提出书院改学堂建议的是早期改良主义者郑观应(公元1842—1921年)，他在《盛世危言》一书中说：“中国自州、县、省会、京师各有学宫书院，莫若仍其制而扩充之，仿照泰西程式，稍为变通。文武各分大、中、小三等，设于各州、县者为小学，设于各府、省会者为中学，设于京师者为大学。”但是，郑观应的《盛世危言》一书直到1894年3月才正式刊行，这一建议在很长一段时间，未能在社会上产生实际影响。
鸦片战争后，这种主张再次被提出。光绪二十一年(公元1895年)顺天府府尹胡燏棻〔yufen玉纷〕(公元？—1906年)在《变法自强疏》中提出十条建议，其中第十条即为“设立学堂以储人才”。他认为泰西各国，人才辈出，其大本大源，在于广设各类学堂，学习各种实用知识。反观中国，各省虽也设立书院义塾，但于八股试帖词赋经义之外，一无讲求，明知其无用，又沿袭不改，“人才消耗，实由于此”。他建议：“特旨通饬各直省督抚，务必破除成见，设法变更，弃章句小儒之习，习经济匡世之才，应先举省会书院，归并裁改，创立各项学堂……数年之后，民智渐开，然后由省而府而县，递为推广，将大小各书院，一律裁改，开?设各项学堂。”
第二年，即光绪二十二年(公元1896年)刑部左侍郎李端棻(公元1833—1907年)在《奏请推广学校折》中，也提出类似的建议。他说：“各省及府州县率有书院，岁调生徒入院肄业，聘师讲授，意美法良。惟奉行既久，积习日深，多课帖括，难育异才，今可令每省每县各改其一院，增广功课，变通章程，以为学堂。书院旧有公款，其有不足，始拨官款补之。因旧增广，则事顺而易行。就近分筹，则需少而易集。”
胡、李两人建议，引起朝野重视，但认为“裁改书院一事，关系人才之消长，学术之纯疵，不可不熟筹审议”，应采慎重态度。
直到光绪二十四年(公元1898年)康有为(公元1858—1927年)再次提出：“各直省及府州县，咸有书院，多者十数所，少者一二所，其民间亦有公立书院、义学、社学，学塾，皆有师生，皆有经费。惜所课皆八股试帖之业，所延多庸陋之师，或拥席不讲，坐受脩脯者，……莫若因省府州县乡邑，公私现有之书院、义学、社学、学塾，皆改为兼习中西之学校，省会之大书院为高等学，府州县之书院为中等学，义学、社学为小学。”(《请饬各省改书院淫祠为学堂折》，原载《知新报》)光绪皇帝接受了康有为的建议，七日后即发布上谕：“即将各省府厅州县现有之大小书院，一律改为兼习中学西学之学校。至于学校阶级，自应以省会之大书院为高等学，郡城之书院为中等学，州县之书院为小学，皆颁给京师大学堂章程，令其仿照办理。其地方自行捐办之义学社学等，亦令一律中西兼习，以广造就。”(《光绪朝东华录》四，中华书局本)
也有人认为书院确已无裨实用
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