，但“不探其本，眩于新法，标以西学之名，督以西士之教，势必举中国圣人数千年递传之道术而尽弃之，变本加厉，流弊何所底止”(《皇朝经世文编》卷五，《胡聘之请变通书院章程折》)。因此，既反对“深诋西学者”，也不赞成“过尊西学者”。不必尽改书院为学堂，最好就现有书院加以改革。如：山西巡抚胡聘之和山西学政钱骏祥就主张：大量裁汰书院，重新审核书院经费，重新更定书院章程，延聘硕学通儒担任书院教授，更改书院教学内容和课程。翰林院庶吉生熊希龄认为：“书院积弊太深，由于山长无人”，“学术之衰，由于无师”。他在《为整顿通省书院与黄膺等上陈宝箴书》中提出七条建议，即定教法、端师范、裁乾脩、定期限、勤功课、严监院、速变通。翰林院侍讲学士秦绶章也提出整顿书院的三项措施，即：定课程、重师道、核经费。定课程受到特别重视，他提出书院应设六门课程：经学(经说、讲义、训诂)、史学(时务)、掌故之学(洋务、条约、税则)、舆地之学(测量、图绘)、算学(格致、制造)、译学(各国语言文字)。在保留中国传统课程之外，增加西学课程。
还有人认为书院改革的着眼点不是变通整顿旧书院，而应着力于另辟蹊经，主张创设新型的实学书院，否则“势难骤为更张”。如：浙江巡抚廖寿丰于光绪二十三年(公元1897年)请求设书院兼课中西实学；陕西巡抚张汝梅和陕西学政赵维熙于光绪二十二年(公元1896年)也提出在陕西创设格致实学书院。廖寿丰在杭州创设了求是书院，聘中西教习，兼修中西实学。陕西泾阳创设崇实书院，兼习中西课程。
对于改革书院的三种办法，朝廷起初并未明确表态，而是将书院改学堂、整顿改革、创设新型书院的意见，“一并通行各省督抚学政，参酌采取，以扩旧规而收实效”。各地根据自己的认识和本地实情，采取了不同办法，如：张之洞在湖广改书院为学堂；也有的另设新型书院，更多的是对原有书院进行整顿变通。有的增设时务斋，如：陕西味经书院规定除经史训诂外，必须学习外国教门风土人情、各国历史、万国公法、外国语言文字，对舆地、制造、兵事、电气、光镜、化学、医学、矿学、气球、气钟、算学、重学等“均须各占一门，积渐学去”。江西友教书院全裁童卷，改设算科，聘算学教师，招收算学生。湖南校经书院增设天文、舆地、测量、光化、矿电等设备和课程。湖南岳麓书院也增设掌故、算学和译学。此外，如湖南常德德山书院、江苏江宁惜阴书院和文正书院、苏州正谊书院和平江书院、云南经正书院、广西经古书院都在不同程度上进行了改革，多数是增设新课程，尤以算学为多。
光绪二十四年四月二十三日(公元1898年6月11日)光绪皇帝在百日维新运动中通令全国，书院一律改为学堂。各省均遵旨奉行。贵州巡抚王毓藻在皇帝上谕发布前七天，改省城学古书院为经世学堂。山西巡抚胡聘之将省会令德书院改为省会学堂。两江总督刘坤一在创设新式学堂的同时，将钟山、尊经、惜阴、文正、凤池、奎光等六所书院分别改为府县学堂。江苏学政瞿鸿机〔ji机〕将江阴南菁书院改为高等学堂。直隶总督荣禄将保定莲池书院改为省会高等学堂，另将天津集贤书院改为北洋高等学堂，将会文、三取、稽古合并改为天津府中学堂、天津县小学堂，问津、辅仁二书院也改为学堂。
但是，由于维新变法运动的失败，慈禧废除新政，一是恢复八股考试，一是停止书院改学堂，令“各省书院请照旧办理，停罢学堂”。
书院改学堂虽被迫中止，但书院改革已是大势所趋，书院虽称“照旧办理”，但事实上已经不可能了。
光绪二十六年(公元1900年)八国联军入侵京城，朝廷被迫西逃，万般无奈，慈禧太后也不得不赞成变法，承认“取外国之长，乃可补中国之短”。书院改学堂作为教育方面的一项新政，再次引起人们的重视。光绪二十七年(公元1901年)湖广总督张之洞和两江总督刘坤一联名上书，重新提出书院改学堂，八月初二(公元1901年9月14日)上谕称：“著各省所有书院，于省城均改设大学，各府及直隶州均改设中学堂，各州县均改设小学堂。”各省纷纷依据本地情况，采取不同的具体步骤，掀起了一个书院改学堂的热潮。至光绪二十八年(公元1902年)大部分省区基本上实现了书院改学堂的要求。存在千余年的古代书院，终于为新式学堂所代替。书院不仅为中国古代文化教育的发展做出了积极的贡献，也为近代教育的发展奠定了基础，书院改学堂确实是发展新式学堂的“至速之法”。书院长期积累的办学经验及教学的优良传统更是我国教育宝库中的珍贵遗产，为新教育的发展提供了有益的借鉴。这也正是研究书院的价值所在。