南宋书院教育的内容和形式日益充实和丰富，教育特色更为突出和显著。藏书、祭祀、讲学都受到充分的重视，并且形成了相应的制度，创设了较好的条件。
书院的藏书受到广泛的重视。除请求朝廷御颁书籍外，还收藏友朋赠书，并遣人四处购书。专建藏书楼和书库，委派专人掌管。不少书院着手自己编书、刊刻书籍。各书院差不多都成为当地一个藏书最丰富的场所，因此成为一个地区的文化教育中心。
书院的祭祀活动是一项特有的活动内容，也是书院教育的一大特色。祭祀活动似乎带有某种宗教色彩，实际上，通过书院祭祀的对象可以表明该书院的学术宗旨和特点。南宋书院除一般供祀孔孟等先圣先师之外，特别重视供祀周、程、张等北宋的理学大师，表明南宋书院大都与理学有关，是讲理学的书院。不少书院都各有自己特有的供祀对象，多把本学派的创始人，或与该书院有密切关系的代表人物加以供奉，用以提高书院的社会地位，标明或保持该书院的学派特点和学术特色。书院供祀与佛道寺观的祭祀方式也有所不同，不是祈求某些神灵的保佑，而是为人树立某种典型形象，是一种生动的教育形式。
讲学是书院的主要活动内容，也是书院作为教育机构的重要标志。南宋书院的讲学有许多新发展。讲学人可慕名聘请，或书院主持人自讲，还可临时请名人讲演。不同学派可以互相交流、论辩。如：朱熹曾邀请陆九渊到白鹿洞书院讲“君子喻于义，小人喻于利”；黄榦〔gan干〕(朱熹的得意弟子)去庐山访友，曾应邀在白鹿洞书院讲“乾坤二卦”；朱熹曾赴岳麓书院同张栻会讲。名师在书院讲学，听讲者不限本书院师生，外地士子也可前来听讲，如：黄榦在白鹿洞书院讲“乾坤二卦”时，“山南北之士皆来集”。有的书院还曾实行高足弟子代讲。如陆九渊在槐堂讲学时，令弟子邓约礼为斋长，有求见问学者，先令其从邓问学；在应天山精舍讲学时，又以从邓约礼学习的傅子云代讲。名师讲学常把所讲内容整理成讲义，学生听讲也如实边听边记。如：陆九渊在白鹿洞书院讲学的“书堂讲义”，吕祖谦在丽泽书院讲学也有“丽泽讲义”。学生的听讲笔记也常整理总汇起来，如：《朱子语类》140卷，就是辑录朱弟子的多年听讲笔记而成的。后世教学中教师的讲义和学生的听课笔记大概就是由此沿袭而来的。南宋讲学的优良传统，到明代书院又有进一步发展，成为独具特色的书院讲会制度。
南宋书院数量多、规模大、地位高、影响广，差不多取代了官学，成为当时许多地区的主要教育机构。
南宋书院的勃兴是多方面因素促成的。概括起来，大概有四个方面的原因：
第一，官学的衰落是书院勃兴的直接原因。庆历以后北宋的统治者曾把发展教育的重点寄托在兴办官学上，然而三次兴学运动均告失败，所存者也仅有学校的形式，而无教育的实绩。
绍熙三年(公元1192年)吏部尚书赵汝愚在一份奏折中指出：中兴以来，朝廷建太学，行贡举，造成“奔竞之风胜，而忠信之俗微”，学校中“工雕篆之文，无进修之志”，“视庠序如传舍，目师儒如路人，季考月书，尽成具文”(《《宋史·选举志》)。
朱熹在《学校贡举私议》中也说：“所谓太学者，但为声利之场，而掌ib.其教事者不过取其善为科举之文”，“师生相视漠然如行路之人，间相与言，亦未尝闻之以德行道艺之实”，学校“又只以促其嗜利苟得，冒昧无耻之心。殊非国家之所以立学教人之本意也”(《朱文公文集》)。
兵部侍郎虞俦〔chou愁〕曾上书指出：“近来州郡之学，往往多就废坏。士子游学，非图啜(饣甫)以给朝夕，则假衣冠以诳流俗。而乡里之自好者，过其门而不入，为教授者，则自以为冷官，而不事事。自一郡观之，若未甚害也，举天下皆然，则实关事体也。”他激愤地说：“朝廷建一官，盖欲使之治一职，苟以为迂阔于事，无补于时，曷不一举而废之！吏禄学粮，犹可省也。”(《续文献通考·学校考》)
正因为如此，朱熹等人才极兴书院，许多人仿效朱熹之所为，大力提倡和创建书院。
南宋统治者也从总结北宋发展官学忽视书院造成更多的社会矛盾的教训中，深感支持书院的发展是有利的。一方面出于政治上的考虑。北宋兴学运动，提高了官学的社会地位，官学学生，尤其是太学生成为一股强大的政治势力。北宋末年，太学生论陈时政，已成风气。至南宋时，太学生伏阙上书，干预朝政的声势更强烈，造成相当大的社会影响，给统治集团带来很大的政治压力。如：陈东在钦宗和高宗时曾七次上书，并领导了太学生请愿运动；光宗绍熙五年(公元1194年)太学生汪安仁等200余人上书；宁宗庆元元年(公元1195年)太学生杨宏中等六人上书；理宗淳祐十年(公元1250年)太学生刘黻〔fu伏〕等六人上书。因此，统治集团感到与其发展官学，不如鼓励读书士子在深山寂林创设书院闭门读书、潜心修养更为可靠，至少可以减少许多麻烦。另一方面
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