国后，由于第二次世界大战方结束，营养很差，虽用电针贴合视网膜，由于网膜皱在一起，无法复原”。自此，陈寅恪双目完全失明，一代史学大师将在黑暗中度过余生，其悲苦之状，令人浩叹。陈氏为此写下了“一生负气成今日”与“残余岁月送凄凉”之句，表达了自己悲观茫然的心境。
同年3月16日，唐筼再次致信傅斯年，谓陈寅恪“本拟赴美洲一行，今以种种不便，旅费亦不敷用，遂决定等船及觅伴归国”。同时提到“寅恪有书籍四箱，拟托历史语言研究所复员时同运至南京。事前筼可托五十厂便车先带至重庆，但不知可交与何人？乞先生酌，指定某处某人可接洽，并代为保管者”。最后又提及：“寅恪来书云：对燕大事已辞谢，大约欲回清华或回史语所专事著作。”
傅接信后，当即作了回复。就书箱之事，专门致信李庄指示由史语所文书兼图书管理员那廉君负责办理。而此时陈寅恪正在回国的轮船上。对这段经历，陈氏在清华时代的高足杨联陞曾有过一段回忆：“来美国留学之后，曾于1946年4月19日与周一良兄（当时青年学人中最有希望传先生衣钵者）同随赵元任先生夫妇，到纽约卜汝克临26号码头停泊之轮舟中，探望先生。时先生双目几已全部失明，看人视物，仅辨轮廓。因网膜脱落，在英经其国手名医，用手术治疗无效。（先生曾膺牛津大学中文系讲座之聘，实未就职，但借此前往就医。）置舟回国，道出纽约，原拟再试医疗，后闻美国名医，亦无良策，遂决定不登岸。是日午后约3时半，先生在舱内初闻韵卿师母、元任先生呼唤之声，顿然悲哽。但旋即恢复镇定，谈话近一小时。对一良与联陞近况，垂询甚详。时二人皆已在哈佛先后完成博士学业，即将回国任教。……此为联陞在国外拜谒先生惟一之一次，亦为毕生最末之一次。”前去拜访的赵元任夫人杨步伟后来回忆说：陈寅恪“睡在船舱床上，对我说，‘赵太太，我眼虽看不见你，但是你的样子还像在眼前一样’。这是（我们）最后一次见面”。此情此景，令赵元任夫妇溘然泣下。自此，陈、赵两位原清华国学院导师，中央研究院史语所一、二组主任，中国历史、语言学界的泰山北斗，纽约一别竟成永诀。而此次诀别，也意味着陈、赵二人与史语所的缘分已尽，各奔东西。陈寅恪为此留下了“人生终古长无谓，干尽瀛波泪未干”的诗句以示心迹。
1946年5月底，陈寅恪返国抵南京，暂住妹夫俞大维公馆。未久，夫人唐筼携三个女儿由成都抵京，一家人算是得以短暂团圆。6月12日中午，由昆明来南京教育部办理清华复员事宜的梅贻琦专程赴俞大维公馆拜望陈寅恪，并请陈回到复员后的清华继续任教，陈表示可以考虑。8月，傅斯年告别复员后的北大南飞，在京停留期间专程拜望陈寅恪夫妇，并劝陈氏不要再回清华，留在南京一边休养一边等待史语所自李庄复员回迁，继续担任本所一组组长与专职研究员职位，生活、住房等一切事宜，皆由傅氏负责安排妥当。面对傅氏的盛情，陈寅恪答应可作详细考虑，但自己则倾向于回北平清华园。傅知彼对清华园与清华同事尚有一份难以割舍之情，不再强劝，只嘱陈再作考虑，告辞而出，赶赴李庄。几天后，陈寅恪接到了梅贻琦寄来的聘书，决心重回清华任教。
1946年10月，陈寅恪安顿女儿流求、小彭在南京读书，与夫人及小女美延赴上海，乘船转道赴北平，重返阔别九年的清华园，暂住清华园新林院52号，抗战爆发时在天津离去的工友陈忠良也回到了陈家，生活等诸方面算是安顿下来。同战前课程安排一样，陈氏仍任清华中文、历史两系合聘教授，外兼已复员的燕京大学研究院导师。时已由美国归来并出任北大校长的胡适多次前来拜望陈氏一家，并想方设法帮助解决生活中的困难。因陈寅恪已双目失明，教学研究皆需助手查阅诵读所需书籍资料及抄写讲稿，遂与清华校方协商，向北大秘书长、史学系主任郑天挺求助，请王永兴前来协助。陈寅恪在致郑氏的专函中写道：
毅生先生史席：
弟因目疾急需有人助理教学工作。前清华大学所聘徐高阮君，本学年下学期方能就职。自十一月一日起拟暂请北京大学研究助教王永兴君代理徐君职务，至徐君就职时止。如蒙 俯允，即希 赐覆为荷。耑此顺著祺弟 陈寅恪敬启三十五年十月卅日王永兴原是清华大学中文系学生，后仰慕陈寅恪的道德学问转入历史系，成为陈氏的弟子。西南联大毕业后考入北大文科研究所，与另一名学生汪钱追随陈寅恪研究唐史，毕业后留在北大文科研究所做研究工作，与导师陈寅恪关系甚洽。陈请其至清华担任自己的助手，正是源自多年建立的师生情谊与默契。郑天挺接函，报告北大校长胡适批准，王永兴来到了陈寅恪身边，陈氏心境渐渐由焦躁变得平和安静。除在家中为历史系开设“魏晋南北朝史”、“隋唐史”等课程，决心好好做一番教学和学术研究，继续自己未竟的事业，并把自己的书斋取名为“不见为净之室”。所谓“不见”表面上是指目盲（南按：据王永兴说，陈寅恪尚能辨别眼前人的大体轮廓，对有些东西能影影绰绰看到一团
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