1948年夏回到国内，8月30日到北平图书馆报到，成为北图的一名职员。据胡适办公室不挂名的秘书邓广铭回忆说：“当时胡思杜不愿意随胡适南飞，他刚从美国回北平不久，对国内这几年的情况不熟悉。他说：我又没有做什么有害共产党的事，他们不会把我怎么样。结果胡适夫妇就把他留下来了。”因事涉紧急，胡适无法也无力在短时间内做通这个脑后长有反骨的儿子的政治思想工作，眼见胡思杜周身充溢着一股年轻气盛，不知天高地厚的牛烘烘的叛逆气味，胡适夫妇颇感无奈，只好强压怒火，按照天要下雨娘要嫁人，或者儿要守家的古训——随其便了。胡适对儿子说了几句不要再像在美国读书时那样——整天出去吃喝嫖赌，正事不干，除了工作，要好好蹲在家中照看家产与书籍之类的话，便告辞而去。未久，胡适驱车来到邓广铭家中，急切地询问能否找到陈寅恪，并谓昨日南京政府来电，说今日派专机抵达南苑机场，“抢救”胡与陈寅恪等著名教授离平。胡打电话至清华问询陈氏的情况，告之已回城内，但不知具体落脚何处，因而要邓广铭想办法寻找。
1943年年底，陈寅恪辞别傅斯年邀请，自重庆携家绕过南溪李庄，径直赴成都燕京大学任教。到校后，与早些时候由史语所转赴燕大任教的李方桂一家同住学校租赁的民房，生活艰难。时陈寅恪身体极度虚弱，右眼失明，上课之后回到家中，仍在昏暗的灯光下用唯一的左眼紧张地备课和研究学术。1944年春，陈寅恪上课地点改在华西大学文学院，一家随之迁入华西坝广益宿舍，居住条件稍有改善。因物价仍在飞涨，陈家柴米不济，夫人唐筼时常犯心脏病，可谓饥病交迫，令人心焦。在此种情形中，陈氏每个星期都要身穿长衫，夹着包袱到教室上课。因生活困苦，营养不济，陈寅恪左眼视网膜剥离加重，终致失明。这年11月23日，陈寅恪给傅斯年与李济的信中写道：“弟前十日目忽甚昏花，深恐神经网膜脱离，则成瞽废，后经检验，乃是目珠水内有沉淀质，非手术及药力所能奏效，其原因是滋养缺少，血输不足（或其他原因不能明了），衰老特先，终日苦昏眩，而服药亦难见效，若忽然全瞽，岂不大苦，则生不如死矣！”
关于陈寅恪失明的经过，陈寅恪女儿流求回忆说：“一个早上，父亲突然发现两眼一片漆黑，失明了。先叫我通知他当天不能上课，随后往进存仁医院。”又小彭笔记：“父亲在存仁医院由眼科医生开刀。听父亲说，在成都开刀时手术不怎么理想，视网膜皱在一起，以后虽到英国医治，已无法再弄平。”1945年2月，陈寅恪作《目疾久不愈书恨》表达自己愤懑哀惋之情。诗曰：
天其废我是耶非，叹息苌弘强欲违。
著述自惭甘毁弃，妻儿何托任寒饥。
西浮瀛海言空许，北望幽燕骨待归。
先君柩暂厝北平，待归葬西湖。
弹指八年多少恨，蔡威唯有血沾衣。
诗中的“西浮瀛海言空许”句，指几次欲赴英讲学而未成行，这个心愿直到抗战胜利之后方才得以实现。
1945年秋，英国皇家学会与牛津大学为实现以前的承诺，再次邀请双目失明的陈寅恪赴伦敦，由英国医生疗治目疾，希望治好后留牛津讲学。陈氏接受邀请，由成都起程经昆明，转印度，乘水上飞机赴英，进入对方安排的医院接受治疗，但手术最终失败。陈夫人唐筼于1946年2月19日在成都致信傅斯年求援，并谈及史语所事，信中说道：“寅恪本有意随郭子杰兄结伴赴美国，看更有无其他方法补助左眼之模糊，又恐所带之款不够，此事正在踌躇中，请先生与骝先先生、立武先生一谈如何？”又说：“元白诗笺证稿筼已请人着手抄写，俟寅恪归来，再删改后即可付印。此项抄写费是否可出自史语所？大约三万左右（并未详细计算）。史语所何日出川？有何计划否？燕大成都方面整个的关门结束，教授之去留以北平、燕大之聘书而定，受聘者始能谈到回平的话。北平方面已屡来信拉寅恪（哈佛研究院只是研究工作），而寅恪尚无答复。先生之意如何？望有信直接寄英，以助其考虑。”
正在重庆和昆明之间为处理西南联大学潮焦头烂额的傅斯年接信后，作何努力与答复不得而知，但从后来的情况看，筹款之事似乎没有多大成效。在伦敦医病的陈寅恪，先是由著名眼科专家Sir Steward Duke-Elder负责诊治，第一次手术后有进步，但眼睛吸收光线尚无好转，仍模糊。第二次手术想粘上脱离之部分，失败。但情形似比出国时好一些，医告无须再施手术。陈寅恪尚存最后一线奢望，遂请在国外访学的熊式一教授，把英伦医生的诊断书寄给时仍在美国的老朋友胡适请求援助。胡托人将诊断书送往哥伦比亚眼科学院咨询，对方告之亦无良策，无法手术，胡适“很觉悲哀”，百忙中只好托在美访学的全汉昇带了一千美元给陈，以示关照。1946年4月16日，胡适在日记中写道：“寅恪遗传甚厚，读书甚细心，工力甚精，为我国史学界一大重镇，今两目都废，真是学术界一大损失。”另据小彭笔记载：陈寅恪“到英
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