识，提出了当时最先进的药物分类法，如金石部分金、玉、石、卤四类；草部分山草、芳草、隰〔xi习〕草、毒草、蔓草、水草、石草、苔、杂草及有名未用等；木部分香木、乔木、灌木、苞木、杂木等。其分类标准依据的是药物的自然属性和生态条件。其书综合了我国16世纪以前植物学、动物学、矿物学、冶金学等多种学科的知识。《四库全书提要》称赞《本草纲目》说：“《明史·方技传》极称之，盖集本草之大成者，无过于此矣。”《本草纲目》刊行后，很快流传国外，被译成多国文字，产生了很大的影响。
清代本草著作最重要的属赵学敏的《本草纲目拾遗》和吴其浚的《植物名实图考》。赵学敏，字恕轩，号依吉。钱塘(今浙江杭州)人。其父本希望他习举子业，而其性好博览，凡星历、医、卜、方技诸学无不涉猎，尤耽嗜医药学。常与其弟默画铜人图(腧穴图)为戏。其父见此，遂将家藏医籍置于别院——“养素园”中，并辟出一块地作为药圃，命兄弟二人于园中索居学习医药。成人之后，其弟学楷著有《百草镜》、《救生苦海》，而学敏著述更丰，有《利济医学十二种》。其中最著名者即《串雅》(汇集走方医经验之作)和《本草纲目拾遗》。《本草纲目拾遗》载药921种，其中716种是《本草纲目》所未收载或叙述不详的。书中收载了民间有效验的草药、外来药物、西方药露的制作工艺等，内容非常丰富，是继《本草纲目》之后，又一部有重要价值的药物学专著。吴其浚，字瀹斋，别号云娄农。曾任翰林院修撰，江西、湖北学政，兵部侍郎，及湖南、湖北、云南、贵州、福建、山西等地巡抚或总督。因此他有条件广泛搜集各地植物标本，并绘制成图，参考了古代本草及有关文献800余种，历七年，编成《植物名实图考》。该书是我国第一部大型区域性植物志，搜集植物1914种，除描述形态外，着重研究植物名称和原植物的统一，以及植物的药用价值，纠正了以往本草书中的某些错误。在植物分类学及本草学上均有重要贡献。《植物名实图考》也流传海外，有一定的声誉。