机构还有理藩院和内务府。
理藩院是清朝管理内外蒙古、青海蒙古、西藏、新疆各少数民族事务的机构。初名蒙古衙门。崇德三年(公元1638年)改称理藩院，隶礼部。顺治十八年(公元1661年)定与六部同等，列衔工部之后。设尚书及左右侍郎，均为满员。又有额外侍郎一人，选蒙古贝勒、贝子之贤能者充任。下设旗籍、王会、典属、柔远、徕远、理刑六司，分管部界、封爵、设官、户口、耕牧、赋税、兵刑、交通、会盟、朝贡、贸易等事。此外，理藩院还掌管一部分属国及其他外国交往事宜。另一部分由礼部掌管。北、西陆路方向的由理藩院负责；南、东海路方向的由礼部负责。理藩院最重要的是掌理中俄交涉事宜。
内务府全称总管内务府衙门，清朝定都北京后即设。顺治十一年(公元1654年)改称十三衙门。所谓十三衙门是蹈袭明朝宦官制度，将二十四衙门精简为十三衙门。清圣祖即位后，谕令裁革十三衙门，仍立内务府。内务府主管宫禁事务，凡皇帝的衣食住行，皆由该府承办。长官是总管大臣，由满族王公大臣兼任，下设堂郎中、主事、笔帖式等，统领七司三院(苑)。广储司掌管库藏；都虞司掌管内府护军及畋〔tian田〕渔之事；会计司掌管内府帑〔tang倘〕项出纳，庄园及选用太监、宫女；掌仪司掌管内廷礼乐及考核太监品级；营缮司掌管宫院缮修；庆丰司掌管牛羊畜牧之事；慎刑司掌管上三旗(镶黄、正黄、正白)刑狱案件；上驷院掌管御用马匹；武备院掌管制造器械；奉宸苑掌管景山、三海(北海、中海、南海)及天坛斋宫。圆明园、畅春园、万寿山、玉泉山、香山、热河行宫、汤泉(今北京昌平东汤山)行宫、盘山(今河北蓟县西北)行宫、黄新庄(今北京良乡北)行宫，因与皇帝驻跸〔bi毕〕有关，也归内务府管辖，但不属奉宸苑，另外委官。此外，内务府还掌管三大殿(太和殿、中和殿、保和殿)、宁寿宫，管理慈宁宫、寿康宫处、御药房、文渊阁(专藏《四库全书》)、武英殿修书处、御书处、养心殿造办处、咸安宫官学(掌教上三旗官学学生学习满汉文及翻译)、景山官学(掌教上三旗官学学生学习满汉书籍)、长房官学(掌教太监学习满、蒙、汉文字)、敬事房等。敬事房也称宫殿监办事处，是管理宦官的机构。凡宦官的任免升调，都由内务府移咨吏部及敬事房办理，太监如有不法，许内务府先拿后奏。内务府是清朝最庞大的机构，设官也最多，仅职官就有3000多人，所辖范围实际也不止“宫禁”，如都虞司的打牲、掌仪司的果园、会计司的庄园、庆丰司的牧厂及各处行宫，都在京城以外。至于织造绸缎，还远到江苏、浙江两省。清朝设置内务府的意义，在于把宦官纳入内务府系统，从而杜绝了中国历史上宦官专权的现象。
中央其他机构，如宗人府、通政使司、中书科、太常寺、太仆寺、光禄寺、鸿胪寺、翰林院、国子监、太医院、钦天监、詹事府等，皆沿于明，设官为复职，职掌变化不大。清朝自雍正以后，实行秘密建储制度，不预先明立皇太子，虽设詹事府，但为闲职，只作为翰林官的升转之途。翰林院增设的单位有庶常馆、起居注馆及国史馆。庶常馆为教习庶吉士之所。起居注馆为记录编纂皇帝言行的机构。国史馆掌修本朝历史。清朝国子监还掌八旗官学，每旗一所(康熙时一度改二旗一所)，是为八旗子弟而设的学校。又有算学，专门教授八旗世家子弟学习算法。此外，又有左右翼宗学，掌教宗室学生；八旗觉罗学，掌教八旗觉罗学生，两学属宗人府。蒙古官学、唐古特学及托忒〔te特〕学，是培养蒙文、藏文、托忒文的三所学校，由理藩院兼管。教坊司改和声署，并入乐部。僧录司、道录司，仍隶于礼部。
清朝也设两京，除北京外，还有盛京(今沈阳)。盛京以内大臣镇守，主要机构有盛京户、礼、兵、刑、工五部，目的是“隆重陪都”。五部不设尚书，设员少于北京，多为满员。又有盛京内务府，管理盛京陵园及祭祀。北京所在地仍称顺天府，盛京所在地称奉天府，设府尹，地位比一般府要高，多为兼职。
(2)地方官
清朝地方分本部和边区两类。本部在明朝十三省的基础上发展为十八省。各省设布政司、按察司和提督学道。布政司设布政使，主管一省财赋和民事，别称藩台、藩司、方伯。按察司设按察使，主管一省司法和监察，别称臬〔nie聂〕台、臬司、廉访。布、按二司权力要比明朝小，因为清朝各省实际权力总于督抚。学政，每省一人，主管一省教育。学政地位低于巡抚，排在布、按之前，由进士出身的侍郎、各寺堂官、翰林、科道及部属等官选任，各带原品衔，三年任期。其办事衙门称学院。省下有府、县两级。知府、知县主管一府一县之政令。知府的副职有同知、通判，分管督粮、清军、捕盗、水利之事。知县的副职有县丞、主簿，分掌钱粮、户籍、征税、巡捕、河防等事。有些地方称州或厅，但州、厅并不成一级，“或直隶如府，或分治如县”(《清文献通考》卷二)。直隶厅、直隶州属布政司，一般散厅、散州属府，个别散厅属将军或道
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