州、县三级，既是行政区，又是官署名。其中州有散州(亦称属州)、直隶州之分。“属州视县，直隶州视府，而品秩相同”(《明史·职官志四》)。府、州、县各设知府、知州、知县为长官。北京所在地称顺天府，南京所在地称应天府，长官称尹。明朝两京府的官员列入中央系统。府、州、县又有佐官和负责具体事务的官员。知府的佐官有同知、通判、推官。知州的佐官有同知、判官。知县的佐官有县丞、主簿。儒学，府设教授、训导，州设学正、训导，县设教谕、训导，主管教诲生员(学生)。巡检司，设于关津要害之处，有巡检、副巡检，负责缉捕盗贼，盘诘奸伪。驿，设驿丞，负责邮传递送之事。税课司(局)，设大使、副使，主管税收。此外，还设有医学、阴阳学、僧道、仓库、河泊等各种官吏，分工比前朝更加细密。
明朝通过督抚加强对地方的控制。抚，指巡抚，其名始于明太祖派懿〔yi意〕文太子巡抚陕西。永乐间派朝臣出巡地方，于是产生了巡抚制度。宣德时，各省常设巡抚渐成定制。巡抚是“巡行天下，抚治军民”的意思。督是指总督，或称总制、总理，分专务和地方两种。专务总督始于宣德年间，有粮储总督、河道总督、漕运总督等名目，职在所务，兼及军事。地方总督始设于正统年间，初设于边地，其后沿海、内地皆设，以军务为主，如蓟辽总督、陕西三边总督、山西、宣大总督等等。督抚也有合于一身的，如总督粮储兼应天巡抚。设督抚也是明朝官制的特点。督抚是中央派员，皆加都察院正官衔。目的是以文臣钳制武臣，协调各省、各(军)镇及省内三司间的关系，统一事权，防止互不相属，运转不灵。
明朝地方还设有各种专务机构。都转运盐使司、盐课提举司，掌管盐政。都转运盐使司，设正官都转运使、同知、副使、判官等。下辖各盐场盐课司、各盐仓、各批验所，分设大使、副使。盐课提举司，设正官提举、同提举、副提举等。行太仆寺、苑马寺，是管理马政的机构，与太仆寺无隶属关系，并听命于兵部。设官与太仆寺同。太仆寺、南京太仆寺主要负责两京畿、南北直隶及河南、山东之区的马政，以备京营之用。行太仆寺、苑马寺负责其他地区的马政，以备各边镇征调。市舶提举司，简称市舶司，设于广东、福建、浙江等省，为掌管海外各国贡使朝贡互市的机构。设正官提举、副提举。茶马司，设于陕西、四川等地，专理茶马交易。设大使、副使。
(3)品阶勋爵
明朝文官品级分为九品正从十级。武官分六品正从十二级。品级很重要。第一，明朝职事官地位高下由品级来决定。如尚书、都御史是正二品，侍郎、副都御史是正三品。文官最高为正二品，再往上升是加官、赠官。加官、赠官有三公(太师、太傅、太保)、三孤(少师、少傅、少保)，太子三师(太子太师、太子太傅、太子太保)、三少(太子少师、太子少傅、太子少保)。三公正一品，三孤、太子三师从一品，太子三少正二品。第二，品秩与俸禄有关，品秩高，俸禄也高。第三，散官、勋官等荣誉称号的授予都与品秩相关。有品秩的官员称入流，没有品秩的官员称未入流。
散官有文散、武散之分。文散从正一品初授特进荣禄大夫，升授特进光禄大夫，到从九品初授将仕佐郎，升授登仕佐郎，共四十二阶。正二品至从四品，除初授、升授外，还有加授。官员初仕一般授予初授散阶，三年考绩合格，升授散阶，六年再考合格，加授散阶。武散从正一品初授特进荣禄大夫，升授特进光禄大夫，到从六品初授忠显校尉，升授忠武校尉，共三十阶。
勋官有文勋、武勋之分。文勋授予五品以上、六年考绩合格的文官，从正一品左、右柱国至从五品协正庶尹，共十等。武勋授予武官，从正一品左、右柱国至从六品武骑尉，共十二等。
宗室封爵有亲王、郡王、镇国将军、辅国将军、奉国将军、镇国中尉、辅国中尉、奉国中尉八等。亲王府设王府官，有长史司(文职)、护卫指挥使司(武职)、仪卫司(侍卫仪仗)、承奉司(宦官)。长史司长官为左右长史，下设审理、典膳、奉祠、典乐、典宝、纪善、良医、典仪、工正、伴读、教授等官。尚公主者称驸马都尉。公主府设中使司，以宦官充任。
功臣、外戚封爵有公、侯、伯三等。功臣爵位可以世袭，外戚爵位一般不能世袭。功臣封号有四等，开国功臣称开国辅运推诚，跟随成祖起兵称奉天靖难推诚，其他称奉天翊运推诚、奉天翊卫推诚。武臣在封号下加宣力武臣，文臣在封号下加守正文臣。
宗室百官的俸禄以石计算。最初宗室给禄米，以后又间以给钞。百官俸禄米钞兼支。官员兼职，俸禄随之增加。但兼官多为高级官吏，中下层官吏往往因俸禄折钱，钞值日跌，实际收入降低。总的来说，明朝官吏的待遇在历朝中是最低的。