。大理寺是负责复审平反刑狱的机构。也就是说，刑部审理的案件，要经过大理寺复审。大理寺的正官有卿、少卿、寺丞。下分左、右二寺，各设寺正、寺副、评事等官。左寺负责两京五府、六部、京卫等衙门的刑案，右寺负责顺天、应天两府，南北直隶卫所、府州县并在外布政司、都司卫所的刑案。都察院对司法也有监察之权，重大刑狱往往由三法司会审。
都察院的前身是御史台，也在废丞相后革除。洪武十五年(公元1382年)始置都察院。都察院是最高监察机构。设左右都御史、左右副都御史、左右佥都御史，以及按行省划分的十三道监察御史(简称御史)。都察院称风宪衙门，以肃政饬法为职。都御史与六部尚书地位相同，合称“七卿”。御史品秩不高，但很有权威，在朝可以监察中央各官署，纠举百司之官中的弊政；出使地方，有巡按、清军、提督学校、巡盐、茶马、巡漕、监军、屯田等职务。其中巡按御史是代天子巡视地方，有考察、弹劾地方各级官长的权力，重要的情况奏请皇帝裁断，一般的事情可以自行处理。明代小说中常有这样的记载：一个秀才与富室之女订婚。后秀才家贫，富室悔婚，对秀才百般刁难，甚至勾结官府加以迫害。而富室女暗赠金钱给秀才。秀才发奋读书，以后考中进士，做巡按御史荣归故里，富室认错，贪官受惩，有情人终成眷属。这些故事都说明巡按一职十分荣耀，地方上的高级官长对他们也畏惧三分。
此外，还有通政使司。这是明朝创设的机构。掌管出纳帝命，受理内外章疏，被称作是天子的“喉舌之司”。设通政使、左右通政、左右参议等正官。七卿加上大理寺卿、通政使，合称“九卿”。
第二个特点是内阁制的确立。明太祖废丞相后，直接指挥六部百司，亲裁独断，事实很难办到。所以必须搞个“秘书处”，帮助他处理政事。洪武十五年(公元1382年)，明太祖仿宋朝制度，设华盖殿、武英殿、文华殿、文渊阁、东阁大学士，统称殿阁大学士。以后，明仁宗又增设谨身殿大学士。世宗时候，改华盖殿为中极殿，谨身殿为建极殿，共四殿二阁。不过洪武时的殿阁大学士只备顾问，不参与政事。到明成祖即位后，才正式在皇帝和六部之间成立内阁。阁指文渊阁，在午门之内，文华殿南面，因地处宫内，阁臣又常侍皇帝于殿阁之下，避宰相之名，故称内阁。最初选翰林官入阁，渐升学士、大学士，一般五至七人。后以尚书、侍郎授殿阁大学士，入文渊阁办事，地位升高。明中叶以后，主持阁务的大学士称首辅，其余称次辅、群辅。内阁的职责是“献替可否，奉陈规诲，点检题奏，票拟批答”(《明史·职官志》)。献替可否，就是备顾问。奉陈规诲，就是辅弼君德。题奏，指题本和奏本。明朝因公事上呈皇帝的本章叫题本，为他事上呈皇帝的本章叫奏本。票拟，又称票旨、条旨、调帖，指六部百司题奏上呈后，内阁根据皇帝的指示草拟批文。因拟稿用墨笔写在小票上，故称票拟。有人认为入阁就是做丞相，其实不然。第一，内阁大学士不执政，执政的是六部尚书；第二，内阁大学士各自分权；第三，内阁之职，最重要的是票拟，但票拟要严格按照皇帝的意志去做，经皇帝批示后才能下发。所以明代内阁大学士叶向高总结说：“祖宗设立阁臣，不过文学侍从，而其重也止于票拟，其委任权力与前代之宰相绝不相同。”(《明神宗实录》卷五一一)
与内阁关系密切的有两类机构。一类是中ib.书科、尚宝司、六科。这三个机构与内阁一样，都设在皇城之内，称禁直机构。禁直，是入值宫中的意思。中书科，设中书舍人，承办书写事务。与唐代中书省属下中书舍人的地位不能相比。尚宝司，设卿、少卿、司丞，掌管印玺信物。六科是吏、户、礼、兵、刑、工六科的简称。各科设都给事中、左右给事中、给事中。给事中也是小官，掌侍从、规谏、补阙、拾遗、稽察六部百司之事，对皇帝的敕命、臣下的章奏有封驳权。给事中又与御史合称科道官、台省官、言官、台琐清班，颇能左右朝政，在明朝政治舞台上是一支十分活跃的力量。
另一类机构是翰林院、詹事府。翰林院是朝廷专司笔札文翰之事的机构，负责制诰、修史、文翰等事。设学士、侍读学士、侍讲学士、侍读、侍讲、《五经》博士、典籍、侍书、待诏等官。又有史官修撰、编修、检讨及庶吉士。翰林官在明朝品秩不高，但地位不低。内阁成员一般都是翰林出身。庶吉士是在翰林院进修的进士，日后有可能进入内阁，当时被人视为“储相”。詹事府是辅导皇太子的机构，设詹事、少詹事、府丞等正官，下设左右春坊和司经局。春坊官有大学士、左右庶子、左右谕德、左右中允、左右赞善、左右司直郎、左右清纪郎，分管与太子相关的各种事务。司经局设洗马、校书、正字等官，负责图书的整理刊辑。翰林院和詹事府的官员常不全设，往往互兼，均受内阁提调。
第三个特点是宦官衙门凌驾于政府机构之上。明朝宦官机构称二十四衙门，由十二监四司八局组成。十二监是司礼监、内官监、御用监、司设监、御马监、尚膳监、尚宝监、印绶监、直殿监、尚
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