，管辖澎湖、琉球(今台湾)等地。
土司设置于边陲少数民族地区。有宣慰司、宣抚司、安抚司、招讨司、元帅府、万户府、千户所等机构。设宣慰使、宣抚使、安抚使、招讨使、元帅、万户、千户等官，由少数民族首领担任。有的土司设在行省之内，如湖广、云南、辽阳等行省；有的设在行省之外，如维吾尔、吐蕃等。元朝土司的设置，是唐朝羁縻州县的进一步制度化，以后为明、清两朝继承下来，对巩固祖国的统一很有作用。
元朝以蒙古族为统治民族，把人户分为蒙古、色目、汉人、南人四等。四等人户在政治待遇上显分优劣，从中央官到地方官的设置上都有突出的反映。高级官员基本上为世袭蒙古、色目贵族和极少数汉人官僚所垄断，而汉人官僚也往往充任副职。如中书省，右丞相必须是蒙古人，色目人可任左丞相，而汉人只能任平章政事。有元一代，非蒙古人做丞相的只有三人。御史台也是一样，“台端非国姓不以授”(《元史·太平传》)。台端，指御史大夫。国姓，指蒙古人。至于地方行中书省长官丞相、平章政事，更是非蒙古人不任。元朝还有一个特殊的官名“达鲁花赤”，蒙古语“镇守者”的音译，按规定由蒙古人(偶有色目人)担任。中央许多机构，地方路、府、州、县，非蒙古军的万户府、千户所，都设有此官。达鲁花赤的设置，也体现了强化蒙古贵族统治的特点。