此设有管理宗教事务的各种机构。最重要的是宣政院和崇福司。宣政院设院使、副使、同知、佥院、同佥、院判、参议等官，主管全国释教僧徒及吐蕃事务。吐蕃著名佛教领袖八思巴曾为宣政院第一任总领，被尊为“帝师”、“大宝法王”。如吐蕃有事，宣政院另设分院往治。崇福司，一度改称崇福院，掌管也里可温(基督教)事务，管理本教教士和十字寺(教堂)。设官有崇福使、同知、副使、司丞、经历、都事、照磨等官。据考证，元朝有也里可温教寺院72所。道教则由集贤院兼管。江南道教由皇帝敕封的正一道天师掌领。元朝对各种宗教寺院大加保护，主管祭祀典礼的太禧〔xi喜〕宗禋〔yin因〕院同时负责对寺院的修缮。
元朝称院的机构特别多，主要有两类。一类设官是院使、同知、副使等。除前面提到的几个以外，还有宣徽院，掌管皇帝酒膳及朝廷筵宴。光禄寺是宣徽院的子机构。太常礼仪院，掌管礼乐、祭享宗庙社稷、封赠谥号等事。太史院，掌管天文历法之事。太医院，掌管医药和各种医药机构，同时制奉御用医药。将作院，掌管官府手工业。通政院，掌管全国驿站，后分置大都、上都两院。典瑞院，掌管皇帝的印玺信物。中政院，掌管皇后宫中财政、营造、供给。储政院，初名詹事院，掌管辅翼皇太子之事。另一类设官是各种名目的学士。有翰林兼国史院，负责拟写诏令，纂修国史。蒙古翰林院，负责翻译文字。集贤院，负责学校和征集人才，同时兼管道教、阴阳、占卜等事。下辖国子监和国子学。监负责学的教令，设祭酒、司业、丞等官。学负责教授生徒，以博士领衔管理。又有蒙古国子监和蒙古国子学，不隶集贤院，而归蒙古翰林院管理。奎章阁学士院，掌管进呈经史书籍，考校历史，纂修《经世大典》。下辖群玉内司，掌管图书宝玩；艺文监，主管以八思巴文字翻译儒学经典。
此外，还有称府、称寺、称司、称监的机构。称府的有大宗正府，设扎鲁忽赤若干，由诸王为之长，掌管治理诸王、驸马以下蒙古、色目人的刑名诉讼，也兼管蒙、汉相关的刑狱。侍正府，设侍正府侍、同知，掌管内廷近侍之事。称寺的机构设卿、少卿。多为主管斡耳朵的机构。如长庆寺、长秋寺、承徽寺、长宁寺、延徽寺等。蒙元皇帝、皇后的斡耳朵各有私产和人户，死后由亲族继承。除这一类机构外，还有武备寺，掌管兵器的制造和供应。太仆寺，掌管马政。尚乘寺，掌管皇帝御用车马。值得注意的是元朝不设大理寺，以其职掌归入御史台。称监的机构有太府监，设太卿、太监、少监，掌管财务库藏。领内、右、左库藏。都水监，设监、少监、丞，掌管河堤渠防。又在地方分设大都河道提举司，山东、河南行都水监等机构。秘书监，设卿、太监、少监，掌管图书。司天监，设提点、监、少监，掌管历象研究及教学。又有回回司天监，设官同司天监，是少数民族星象学者观察天象的专门机构。设司的机构有大司农司，设大司农、卿、少卿，掌管农桑、水利及赈济之事。大都(今北京)留守司，设留守、同知、副守，掌守卫京城。
(2)地方官
元朝地方有两个系统，一是行省系统，一是土司系统。
行省，即行中书省，也简称省。元朝以大都为都城，称河北、山东、山西之地为“腹里”，直属中书省管辖。腹里之外，分设岭北、辽阳、河南、陕西、甘肃、四川、云南、湖广、江西、江浙等十个行省。“省”，最初是官署名，如中书省。行省是中书省分出来的地方最高一级行政机构，设官同中书省，亦有丞相、平章、右左丞、参知政事、郎中、员外郎、都事等。这种制度是从金朝学来的，金朝叫行尚书省，是临时的，不常设；元朝定型为常设的机构。以后，行省又演化为大行政区的代名词。明、清时候，行省作为官署名不复存在，但作为大行政区的代名词则沿用下来。行省下是路、府、州、县。路分上路和下路，满10万户为上路，不及10万户为下路，地理位置重要的地方，不论人口数亦可置上路。路设总管府，长官称达鲁花赤，总管副贰。下有同知、治中、判官、推官等官，下辖儒学(学校)、司狱司、织染局、杂造局、录事司等分管各项专门事务的部门。府的设置不普遍，有的直属中书省，有的隶属于行省，有的隶属于路。府之下有的直辖州县，有的不辖州县。府设达鲁花赤、知府(或府尹)为长官，又有同知、判官、推官、知事、提控案牍等员分管各项具体事务。州按所辖民户多少分为三等，江南、江北标准不一。江南50000户以上为上州，30000户以上为中州，不及30000户为下州。江北15000户以上为上州，6000户以上为中州，不及6000户为下州。州设达鲁花赤、知州为长官，其他设官如同府制。县也按所辖民户多少分为三等。江南以30000户以上、10000户以上、10000户以下划为上、中、下县。江北以6000户以上、2000户以上、2000户以下划为上、中、下县。县设达鲁花赤为长官，下设县尹、县丞、主簿、尉、典史等官。在比较重要的地方设巡检司，如浙江行省泉州路设有澎湖巡检司
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