为一个壮烈牺牲的暴动领袖而播于人口。而现在事情未成，就这样悄没声息地被处死，那就太不值得了。若能活下去，就应该力争活下去，政治革命也罢，种族革命也罢，总之都是革命。放弃种族革命而不放弃政治革命，也不能算背弃革命，因而也就不能算叛徒。既不变节，又能得宽免，为什么不干呢？再说，杜三的话也不无道理，并不一定非要行种族革命不可，政治革命或许才是中国真正的出路。今后出去了，一定要去拜见杨度，当面请教救中国的道理。想到这里，孙毓筠终于拿定了主意，他要身边侍候的人向端方察告愿写供词。端方见杜三游说成功，立即派人送来一套名贵的文房四宝以示关怀。
孙毓筠花了十来天时间把自己这些年来的思想做了一番清理，写了一份长长的供词。他先叙述自己的家世，然后写由科举功名转向佛学研究，再由佛学研究转向种族革命，继而终于明白了政治革命才是救国的正确选择。最后他向端方建言，以改良政治来达到富国强兵的政治革命派，固然大有人在，而以推翻满人政权实行种族革命的人士也不少，为朝廷计，为午帅计，对行种族革命的人不宜株连太甚，否则将激起更大的反抗。宽赦革命党人，才是消弭祸变的办法。为了让朝廷和端方更加放心，他在供词的结尾部分表示，此番获释后，他将披发入山重新研究佛学，妻儿财产既无所恋，世事纷争亦不再与闻。
端方依照这份供词向朝廷报告，鉴于孙犯已改变立场，宜从轻处罚，判囚禁五年。实际上，端方在总督衙门后花园里收拾一间小房子，将孙毓筠安置在这里读书。杜三告诉孙毓筠，应将端午帅有意保全的良苦用心告诉族叔祖。于是孙毓筠写信给孙家鼐，详告一切。同时又给杨度写了一封信，向他致以谢意，并表示出去后一定拜他为师钻研宪政。而此时的杨度，正面临着生命航程中的又一次重大转变。