石在上海发动反革命政变彻底背叛革命；4月15日。黄埔军校副校长李济深在广州“清党”；7月15日黄埔军校党代表汪精卫撕下了左派地假面具。公开叛变革命。至此轰轰烈烈地国民大革命在国民党右派和帝国主义地联合绞杀下失败了。
汪精卫叛变革命后于1927年7月18日以“从黄埔来地第5期学员已经肄业期满”为借口。实际上解散了中央军事政治学校武汉分校。此时武汉分校地学生一部分划给了国民党各军。一部分奉蒋介石地命令开往南京。另一部分1700多人被编为国民革命军第二方面军第四军军官教导团。叶剑英担任团长。部队暂时驻扎在武汉南湖营房。武汉分校所剩师生如程子华、罗瑞卿等参加了中国**领导地武装暴动。还有许多回到家乡自谋生计。郭沫若、成仿吾、阳翰笙、许德珩、沈雁冰、聂绀弩、方之中、吴奚如、臧克家、谢冰莹等黄埔师生。他们在中国最黑暗地时候拿起了手中地笔杆子同反动派针锋相对。
蒋介石是靠黄埔军校起家地。他在南京另立国民政府后为了培植反革命势力。仍然注重黄埔军校。1927年10月南京政府委任刘士毅为迁校筹备委员会主任。具体主持黄埔军校地迁校事宜。11月5日。黄埔军校改名为“中央陆军军官学校”。主校址选在南京。1928年蒋介石复任国民革命军总司令。3月6日军校在南京举行开学典礼；3月24日。蒋介石被任命为中央陆军军官学校校长。李济深任副校长。何应钦任教育长。周佛海任政治部主任。10月军校又实行校务委员制度。蒋介石、胡汉民、戴季陶、吴稚晖、阎锡山、冯玉祥、李宗仁、李济深、何应钦、张学良、朱培德为首批校务委员。其中蒋介石、阎锡山、何应钦为常务委员。张治中担任军校教育长并且主持工作。黄埔军校从此开始了南京中央军校时期。
1928年5月15日，军校的名称一度改为“国民革命军军官学校”；1929年9月10日，又改名为“国民革命军黄埔军官学校”。黄埔6期和黄埔7期的学生分南京、黄埔两地授学。军校南京部分的学员第6期1929年2月24日共3634人毕业：第7期学员于1929年12月28日共852人毕业：军校黄埔部分第6期学员1929年2月24日共718人毕业；第7期学员666人于1930年9月26日毕业。在黄埔7期学生中还包括朝鲜籍学生34人，越南籍学生13人：朝鲜人民军著名领导人崔庸健等就曾在黄埔6期和黄埔7期执教过。自从大革命失败以后，由于黄埔军校清党、新军阀战争以及广州起义等事件的影响，军校黄埔部分的学生已经人大减少，所以此时它实际上是南京中央军校的预科学校。1930年9月在军校第7期学员即将毕业之际，蒋介石电令广州“第7期毕业后黄埔校停办”，短短十个字就使驰名中外的黄埔军校停办了!
从第8期学员开始，军校对教学方式、修业期限以及课程设置都进行了重大改革。首先军校学制改为三年，第一年为入伍生教育，第二年和第三年为理论教育年：学生所学的科目包括术科和学科两大类，术科包括单兵教练、班教练、排教练、工兵勤务、射击、武术体操等；学科除了陆军礼节、步兵操典、步兵射击、野战筑城、通信、卫生学、战术学、地形学、兵器学、瓦斯学、炮兵学、战车学、航空学之外，还设置了三民主义、外交史、中国革命史、外国革命史、中国政治经济概况、法学、人生哲学、数学、物理、化学以及英语、德语、法语、日语等课程，学生的知识面更加广泛了。第8期学员1930年开学时的时间不同，所以分为了两个总队，第一总队1933年5月共505人毕业，第二总队1933年11月共1240人毕业：第9期学员1931年3月开学，1934年5月共有654人毕业；第10期学员1933年7月开学，第一总队于1936年6月共有621人毕业，第二总队于1937年抗战开始后毕业，共有621人：我军开国少将张学思和高存信就是黄埔10期毕业的，黎原1938年参加八路军，建国后任兰州军区副司令员，现任黄埔军校同学会副会长兼北京黄埔军校同学会会长。第12期学员1935年9月入学，1938年应抗日战争的需要于1月提前毕业，共计有740人，这批学生中就有后来担任过台湾“行政院院长”的军事强人郝柏村；第13期学员于1936年8月入学，南京陷落之前，随军校从南京经江西、湖北辗转至四川铜梁继续学习，1938年9月共计有1412人毕业。至此黄埔军校在南京时期举办第613期，一共八期，此外广州、洛阳、南昌、成都、武汉、昆明等地还设有分校军事训练班。
军校在南京时期还成立过中央陆军军官学校教导总队。由于蒋介石对黄埔军校的青睐，所以国民党军队的最先进的战术训练，最先进的武器装备都是在中央军校首先来试验的。军校教导总队仿效当年黄埔教导团，在德**事顾问的指导下于1931年1月开始组建，1935年正式成为国民党部队的正式战斗部队，中央军校教导总队1937年参加了淞沪会战，在保家卫国抗击日寇侵略的战场上打出了当
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