这一时期，留学和救亡已十分紧密地联系在一起，在这股爱国热潮冲击下，凡是有损中国国格的行径都会使留日学生们痛心疾首，奋起反抗。日本警察无故搜查宏文学院学生的行李，留学生们感到这是对弱国人民自由的剥夺，不少人心情沉重，彻夜不眠。于是议论纷纷，互相串联，准备以全体退学相抗议，后经多方劝导解释才平息下来。靖国神社展览中陈列有许多甲午战争中的“战利品”，这引起了中国学生的愤怒，他们聚众大闹，将陈列品打翻在地。参观大阪博览会，发现福建省的产品陈列在台湾馆中，而台湾当时为日本所霸占，他们敏锐地感到这是日本把中国福建视为其势力范围的举动，坚决反对，经过激烈交涉，终将这些产品迁出。东京卧龙馆在“活动写真”展出活动中丑化中国妇女，参观的中国留日学生以退场相抗议，宋教仁还与另一学生站在入口，劝诫中国人不要进去，并请人写了条子贴在门口告诉大家原委。该馆的管理人员不让张贴，双方争执起来，宋教仁义正辞严地指出，你们有展览的自由权，但我们有不让中国人看的自由权，你们侮辱中国，中国人就要抗议。结果该馆馆主无言以对，只好赔礼道歉。成城学校开运动会，张挂各国国旗，唯独没有挂中国国旗，几百名留学生痛哭流涕，一致抗争，并明确表示不挂出中国国旗就别想开运动会。经过长时间抗争，最后迫使校方挂起了中国国旗。青年鲁迅留日期间学的是医学，但是，在一次上微生物学课时，幻灯片上放出日俄战争期间屠杀中国人的场面，画面上居然还有一群中国人麻木不仁在围观，这种病态的毫无民族意识的世态，促使鲁迅决定用文学来唤醒民众，他说：
这一学年没有完毕，我已经到了东京了，因为从那一回以后，我便觉得医学并非一件紧要事，凡是愚弱的国民，即使体格如何健全，如何茁壮，也只能做毫无意义的示众的材料和看客，病死多少是不必以为不幸的。所以我们的第一要著，是在改变他们的精神，而善于改变精神的是，我那时以为当然要推文艺，于是想提倡文艺运动了。
留日学生中激昂的爱国情绪很快在规模巨大的“拒俄运动”中发展到了高潮。1900年，沙俄出动17万军队武装强占我国东北三省，到1903年4月，侵驻东北的沙俄军队不仅拒不按期撤出，反而提出七项无理要求，公然叫嚣要将东三省纳入俄国的版图。这一消息传到日本，留学界群情激愤，立即掀起了轰轰烈烈的拒俄运动。4月29日，留日学生500多人在东京集会，倡议组织拒俄义勇队开赴前线。青年学生纷纷签名，抱定为国战死、马革裹尸的决心。仅一天时间，签名者达130多人，于是正式宣布拒俄义勇队成立。5月2日拒俄义勇队改名学生军，并制订了12条规则，要求在清政府领导下抗击沙俄。但是，当时的清政府已变成了洋人的傀儡，爱国有罪，救亡问刑。它把留日学生的拒俄活动视为犯上作乱，多次要求日本政府取缔。清政府驻日本公使蔡钧向端方致电云：“东京留学生结义勇队，计有200余人，名为拒俄，实则革命，现已奔赴内地，务饬各州县严密查拿。”同时，清廷又密谕各督抚：“东京留学生已尽化为革命党，不可不加防备……地方督抚于各学生回国者，遇有行踪诡秘，访闻有革命本心者，即可随时获到，就地正法。”清政府的倒行逆施从反面促进了留日学生的觉醒，他们终于认识到，只有推翻卖国的清政府，建立救国的新政府，才能使中国免于亡国。“欲免瓜分，非先倒满清政府，则无挽救之法也。”就这样，拒俄运动成为广大爱国知识分子从爱国走向革命的一个重要转折点。1905年夏天，孙中山从美国来到日本，留日学生专派代表百余人到，宣传反清，时人讲这时的情况是：“在日本各省留学生，均有留学生会，会中必办一报，报以不言革命为耻。”这些刊物中，1905年11月创刊的《民报》以宣传同盟会的三民主义为总纲，在抨击清政府、鼓吹反清革命、介绍西方资产阶级民主学说方面成绩卓著，由此引起了清廷的切齿痛恨，一再加以防范，但留日生们还是巧妙地将它不断输入国内，有的将封面换上“心理学讲义”的名称邮寄回国。他们还编写了大量的图书，为反清革命提供精神武器，其中以邹容写的《革命军》和陈天华写的《猛回头》、《警世钟》影响最大。在《革命军》中，邹容宣言道：
我中国今日欲脱满洲人之羁缚，不可不革命，我中国欲独立，不可不革命，我中国欲与世界列强并雄，不可不革命，我中国欲为地球上强国，不可不革命。
《革命军》文字浅显，出版不久销路极佳，它不仅对革命青年产生了启发和鼓励作用，对一些置身于革命阵营以外的知识青年影响也很大。胡适青年时代曾受此感染，他回忆：“有一天，王君借来了一本邹容的《革命军》，我们几个人传观，都很受感动。借来的书，是要还人的，所以我们到了晚上，等舍监查夜过去之后，偷偷起来点着蜡烛轮流抄了一本《革命军》。正在传抄《革命军》的少年，怎肯投到官厅去考试呢？”陈天华的《猛回头》与《警世钟》用语通俗，言词悲慨：
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