立即发表《辟复辟论》进行驳斥，明确指出康是“党袁论”、“附逆论”、“筹安新派”。
1917年，康有为再次逆历史潮流而动，支持张勋，梁启超立即随段祺瑞讨伐张勋。他不仅代段起草了讨逆宣言，而且以个人名义发表反对通电，斥责康为“大言不惭之书生，于政局甘苦，毫无所知”。据说通电写好之后，有人担心会破坏康、梁的师生情谊，梁启超却理直气壮地回答道：“师弟自师弟，政治主张则不妨各异，吾不能与吾师共为国家罪人也。”
梁启超反对张勋复辟前，周善培规劝梁说：“事情有该自己做的，有该听别人做的。讨袁，革命党该做，我们也应当做；讨张复辟只该听革命党去做，不必我们去做。”周善培反复劝说良久，但梁启超却执意讨伐张勋。梁启超和康有为从此决裂，康有为当着梁启超学生的面痛骂梁启超“梁贼启超”，并且指斥梁曰：“鸱枭食母獍食父，刑天舞戚虎守关。逢蒙弯弓专射羿，坐看日落泪潸潸。”“鸱枭”、“獍”为古文中食父食母的怪兽。
康、梁公开交恶后，通过刘海粟等人从中斡旋，二人关系有所缓和。1922年，康有为原配夫人在上海逝世，梁启超曾亲往吊丧。1927年，康有为70岁生日，康门弟子齐集上海祝寿，梁启超虽然因事不能亲至，但却托人送来寿联和寿文。梁所撰的寿联曰：“述先圣之玄意，整百家之不齐，入此岁来已七十矣；奉觞豆于国叟，至欢忻于春酒，亲受业者盖三千焉！”在联中，梁启超投康有为所好，将康有为比做孔子。在寿文里，梁启超深情地回忆起早年在万木草堂学习的经历，感谢先生的教诲之恩，并高度评价了康有为对当时及以后的影响。
这年3月31日，康有为在青岛逝世。梁启超闻讯之后很是悲伤，汇去几百块钱，作为赙礼，并在法源寺开吊3日。每当来人行礼，他始终站在孝子位置，答礼不疲。弟子晚辈徐志摩、张君劢、胡适等人行磕头礼，梁也如礼答之。梁启超平时喜打麻将，但康有为去世后一个月他没有再打牌。4月17日，梁启超联合康门弟子，在北京设灵公祭，含泪宣读悼文。在悼文中，梁启超肯定了康有为早年的历史贡献，但委婉地批评了他在复辟帝制上的错误。
梁启超挽康有为：“祝宗祈死，老眼久枯，翻幸生也有涯，卒免睹全国陆沉鱼烂之惨；西狩获麟，微言遽绝，正恐天之将丧，不仅动吾党山颓木坏之悲。”“西狩获麟”，典出《春秋·哀公十四年》，杜预注：“麟者仁兽，圣王之嘉瑞也。世无明王出而遇获。仲尼伤周道之不兴，感嘉瑞之无应，故因鲁春秋而惰中兴之教，绝笔于‘获麟’之一句。所感而作，固所以为终也。”梁在下联中引用此典，将老师康有为比作孔子。
梁启超评价其师康有为：“先生最富于自信力之人也。其所执主义，无论何人不能动摇之。于学术亦然，于治事亦然。不肯迁就以徇事物，而每镕取事物以佐其主义，常有六经皆我注脚，群山皆其仆从之概！”