怒，章太炎将总统府的招待室砸了个稀巴烂。见章太炎盛怒，袁无奈，派执法处长陆建章前来。据说，陆硬着头皮出来见章太炎，鞠躬说：“总统有要公，劳先生久候，深为抱歉！今天派我来迎先生入见。”章太炎不疑有诈，便跟着陆建章上了马车，一路被骗至某军事废校，后移居龙泉寺。
据说，章太炎被移往龙泉寺关押，杀人如麻、被人称做“陆屠夫”的陆建章亲自骑马在前开道以示恭敬，人们都感到奇怪，从没见过对一名囚徒如此礼遇的情况。问陆，陆回答说：他日太炎若能为我草一檄文，则我可少用十万兵马，安得不尊重。
章太炎被捕的消息一经传开，便有当日同盟会的故旧前往总统府为他缓颊：“袁总统有精兵十万，何必畏惧一介书生，不恢复其自由呢？”袁世凯回答道：“太炎的文笔，可横扫千军，亦是可怕的东西！”袁世凯为向舆论交代，但又不好给章太炎派罪名，就定了个“疯子病发违禁”的滑稽名目，将章太炎幽禁。
移居龙泉寺的翌日，袁世凯次子袁克文亲自前来送锦缎被褥，但未敢面见章太炎，只是让人转交。章太炎觉得窗缝外有人窥探，牵帷一看，乃是袁克文，便立即入室点燃香烟，将被褥上烧出许多洞穴，累累如贯珠，遥掷户外，曰：“拿去！”
章太炎被袁世凯软禁在龙泉寺，由陆建章负责执行。陆说袁曾手示八条保护太炎：饮食起居，用款多少不计；说经讲学文字，不禁传抄；毁物骂人听之，物毁再购；早晚派人巡视，恐生意外，等等。陆对人说：“太炎先生是今之郑康成。黄巾过郑公乡，尚且避之。我奉极峰命，无论先生性情如何乖僻，必敬护之；否则并黄巾之不如了。”
章太炎被软禁后，袁世凯曾要接章的家属来京与章同住，章以为是“诡术”，汤国梨也怀疑袁有什么阴谋，都谢绝了。袁世凯长子袁克定曾来看望章太炎，让章住到他的家中，章太炎默不作声，最后作罢。
章太炎开始并不知道他被软禁之事。一日，他乘车外出赴宴时，宪兵也跳上车，呈前后夹卫状，宴后归时，夹卫如故。章颇觉奇怪，问吴宗慈，吴没有如实告知。第二天，他去拜访胡培德，胡对他说：“此为袁世凯派来保护者。”章闻言大怒，抄起手杖把宪兵打得抱头鼠窜。章这才心情大好，对吴宗慈说：“袁狗被我赶走了！”吴宗慈只能唯唯以对。宪兵被章太炎驱赶后，便着便服而来，和吴宗慈、张亚农谈判，说他们是奉上边的命令来保护章先生的，虽然触怒了章先生，但仍不敢怠慢，所以易服而来。吴、张二人不便拒绝，只能同意，不让章太炎知道此事。
袁世凯为了收买章太炎，曾派陆建章的秘书秦某（曾为前清翰林）去给章送钱。秦某刚把怀里的五百元钱掏出来放到桌上，章太炎站起身来，将钱扔到了秦某的脸上，并瞪着眼晴斥责道：“袁奴速去！”秦某吓得落荒而逃。
章太炎曾致书袁世凯，要求袁释放自己，但袁并不理会。后黎元洪进京，章致信黎。黎接信后，乃夜叩袁的卧室求见，值袁已入睡，不获接见。第二天，黎再见袁，为章求情。袁于是打算给章一个虚职，准备命章负责考文苑，但章要求袁拨开办费20余万元，并让其聘请海内外名宿担任教授，袁世凯只愿意给15万，最后双方未谈妥，遂作罢。
后来，章太炎的得意弟子黄侃到北大教书，前来陪侍，章太炎便口授《中国文学史》讲义，由黄侃悉心整理，师徒二人常夤夜不辍，章才不觉寂寞。
据许寿裳回忆，章太炎被软禁后，“每日写‘袁贼、袁贼’以泄愤，又喜欢花生米下酒，吃的时候把花生的蒂去掉，说：‘杀了袁皇帝的头’。以此为乐。”他还从后花园里挖树根，修理成人形，上面写着“袁世凯”三个字，烧了之后挖个坑埋掉，然后他高兴得满院子里跑，边跑边喊：“袁贼烧死啦！袁贼烧死啦！”再到后来，骂人之余百无聊赖，章太炎就在寺里讲课，宣扬革命道理。袁世凯的便衣混在学生中去侦察。章太炎辩才尤佳，几个便衣竟被章慷慨激昂的风度精神所感染，笔记记得不亦乐乎ib.，还频频提问。
在钱粮胡同的居所，章太炎可读书写作，亲友和弟子也可前来探望，但就是不给他出门的自由。章只能设法泄愤，以各种方式咒骂袁世凯解气。他先是在八尺见方的宣纸上大书“速死”二字，悬挂于厅堂正中；然后满屋子遍贴“袁世凯”字样，以杖痛击，谓之“鞭尸”。吃汤圆时，他戏称道：“汤圆又称元宵，元宵者，袁消也。”一口将汤圆吃下，引得大家大笑。他在室内写满了“杀、杀、杀、杀、杀、杀、杀，疯、疯、疯、疯、疯、疯、疯”的对联。
章太炎的长女到北京陪伴父亲，为了不给父亲增加负担，自缢于钱粮胡同。章太炎的夫人汤国梨回忆章长女的死：“女儿章于1915年4月去京省视老父，后悉此举恰恰无意中落入袁之圈套，非但将致老父于死地，即自身亦陷入绝境，遂于9月间自缢身死。”
章太炎被囚禁后，袁世凯在生活上对章太炎极为照顾。章夫人汤国梨也说，章太炎在被囚期间，每月的费用是500元（当时一个警察每月薪水4元左
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