年随清军入京，在此建魏的衣冠冢。1925年，孙中山在京逝世后，曾在该寺的后殿停过灵柩，因而此殿后改为名为中山堂。后又在该寺金刚宝座塔下建孙中山衣冠冢。章太炎反对共产党，对国共合作不满，于是以此联骂那些尊崇孙中山的人尽是魏忠贤的义子。
1927年，章太炎被国民党上海市党部临时执委会点名称为第一号学阀，呈请国民党中央加以通缉。
1935年，国民政府代表何应钦与日本梅津美治郎签订《何梅协定》，章太炎对此丧权辱国的协定十分愤慨，当即作诗寄于友人，曰：“淮上无坚守，江心尚苟安。怜君未穷巧，更试出蓝看。”讽刺国民政府在淮河一带不设防坚守，竟把中原轻易丢掉，而仍无动于衷。