1869年，章太炎出生于浙江余杭的书香门第，祖父留下的藏书多达5000卷。到章太炎父亲时，因太平天国战乱，家势开始衰微，因此章父非常注重对子女的教育，冀望能够重振门楣。章父立下《家训》，要求子女们不得对清廷卑躬相事，并希望子女们精研经史。1890年，章父弥留之际，一再叮嘱家人：“吾家入清已七八世，殁皆用深衣敛，吾虽得职事官，未尝诣吏部，吾即死，不敢违家教，无加清时章服。”所谓“深衣”，就是士大夫平时闲居在家时所穿的衣服，上衣和下衣裳相连。章太炎的祖辈，入清以来已经历七八代了，但去世时从不穿戴清朝的衣服入殓，而是采“深衣敛”。
章太炎少时，受外祖父朱有虔启导。其十一二岁时，朱为其讲《东华录》，说“夷夏之防不可不严”。章问：“以前的人有谈过这种话没有？”朱答：“王船山、顾亭林已经谈过，尤其是王氏的话，真够透彻，说道‘历代亡国，无足轻重；只有南宋之亡，则衣冠文物亦与之俱亡了’。”章说：“明亡于清，反不如亡于李闯。”朱回答道：“现在不必作此说。如果李闯得了明的天下，闯虽不是好人，他的子孙却未必都是不好的人，但现在不必作此说。”
章太炎曾作《逐满歌》：
莫打鼓，莫敲锣。
听我唱这逐满歌。
如今皇帝非汉人，满洲清妖老猢狲。
辫子拖长尺八寸，猪尾摇来满地滚。
头戴红樱真狗帽，顶挂朝珠如鼠套。
他的老祖努而哈，带领兵丁到我家。
龙虎将军曾归化，却被汉人骑胯下。
后来叛逆作皇帝，天命天聪放狗屁。
他的孙子叫福临，趁着狗运坐燕京。
改元顺治号世祖，摄政亲王他叔父。
叔嫂通奸娶太后。
遍赐狗官尝喜酒。
可怜我等汉家人，却同羊猪进屠门。
扬州屠城有十日，嘉定广州都杀毕。
福建又遇康亲王，淫掠良家象宿娼。
驻防清妖更无赖，不用耕田和种菜。
菜来伸手饭张口。
南粮甲米归他有。
汉人有时欺满人，斩绞流徙任意行。
满人若把汉人欺，三次杀人方论抵。
滑头最是康熙皇，一条鞭法定钱粮。
名为永远不加赋，平余火耗仍无数。
名为永远免丁瑶，各项当差着力敲。
开科诓骗念书人，更要开捐驱富民。
人人多道做官好，礼仪廉耻忘记了。
地狱沉沉二百年，忽遇天王洪秀全；满人逃往热河边，曾国藩来做汉奸。
洪家杀尽汉家亡，依旧猢狲作帝王；我今苦口劝兄弟，要把死仇心里记。
当初清妖破南京，尔父被杀母被淫。
人人多说恨洋人，那晓满人仇更深。
兄弟你是汉家种，不杀仇人不算勇。
莫听康梁诳尔言，第一仇人在眼前。
光绪皇帝名载湉。
1904年，慈禧70大寿，章太炎写下一副对联以示讽刺，传诵一时：“今日到南苑，明日到北海，何日再到古长安？叹黎民膏血全枯，只为一人歌庆有；五十割琉球，六十割台湾，而今又割东三省，痛赤县邦圻益蹙，每逢万寿祝疆无。”
《苏报》案发生后，邹容被捕并死于狱中。章太炎做诗纪念义弟，曰：“邹容吾小弟，被发下瀛洲，快剪刀除辫，干牛肉作糇。英雄一入狱，天地亦悲秋。临命须掺手，乾坤只两头。”
1906年7月15日，出狱后的章太炎来到日本。孙中山与东京留学生为其开欢迎会，到会者两千多人，由于地方太小，许多人只能挤在屋檐下或爬在窗台上，以求一睹章太炎的风采。章在会上致辞说：“兄弟小的时候，因读蒋氏《东华录》，其中有戴名世、曾静、查嗣庭诸人的案件，便心中发愤，觉得异种乱华，是我们心里第一恨事。后来读郑所南、王船山两先生的书，全是那些保卫汉种的话，民族思想渐渐发达。”
1898年，由《时务报》夏曾佑推荐，章太炎被张之洞招入帐下。章太炎想通过“依靠汉族督抚改变现状”，欣然前往，并担任《正学报》的编辑，撰文批驳康有为的今文经学理论。但不久他便发现，张之洞的“中体西用”只是为了在清朝体制下稳健变法，而张也只是利用他与康有为等人的分歧，打压维新派时，章太炎径直离去。
章太炎主张排满，直呼满清皇帝名讳，语气十分蔑视，梁鼎芬的弟子朱强甫问章道：“你的祖宗不也有人作过清朝的官吗？”章太炎答道：“那是为强暴所污，不得以而为之！”
1，章太炎第一次流亡日本期间，结识孙中山。此次见面，章太炎被孙中山“当今中国不流血就不能推翻满清王朝”的议论深深打动，连连叫好，称其为“卓识”。1901年，章太炎割发明志，并撰《剪辫发说
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