陈寅恪初到哈佛，就主张大购、多购、全购书籍。1919年8月18日《吴宓日记》载：“哈佛中国学生，读书最多者，当推陈君寅恪及其表弟俞君大维，两君读书多，而购书亦多。到此不及半载，而新购之书籍，已充橱盈笥，得数百卷。陈君及梅（南按：即梅光迪）君，皆屡劝宓购书。”
陈封雄回忆说，陈寅恪在游学欧洲期间两次回国，但“大部分时间都在家杂览经史古籍，对史学感到浓厚兴趣。他不但背诵了《十三经》，而且每字必求甚解，这也就奠定了他一生精考细推的治学方法。”
陈寅恪常说“读书必先识字”。陈寅恪幼年即对于《说文》与高邮王氏父子训诂之学都曾下过一番苦功。陈寅恪对“十三经”不但大部分流利背诵，而且对每字必求正解。因此《皇清经解》及《续皇清经解》就成为其经常诵读之书。据陈氏弟子蒋天枢说，陈寅恪在国外时，曾携有两部《经解》石印小字本，其中一部《续经解》直到陈氏去世后尚存于遗物中。另据俞大维透露，陈寅恪对于史书读得格外用力，特别注重各史中的志书，如《史记》中的《天官书》、《货殖列传》，《汉书·艺文志》，《晋书·天文志》等，即使德文原版的天文学也是他经常诵读的史书之一。
陈寅恪认为“读书先识字”，要研究历史学特别是东方学，必须要懂得东方的文字，包括历史上存在过，如今已死去的文字，只有如此才能揭示历史的源流和本真。因而他在德国留学期间对各种古代文字与考证下了极大的工夫。
陈寅恪后来谈到他学会多种外语的经验，只强调一个“诚”字。到清华执教时，虽然已经名满天下，可他并不满足。就在他任清华导师后，仍然坚持跟人学西夏文和蒙古文，每个星期进城学两天，向钢和泰学梵文。
陈寅恪在1920年代倡导，为人治学当有“独立之精神，自由之思想”。
民国时期，中国学术史上有一件著名的大事，就是8000麻袋15万斤清宫内阁大库档案的发现。1912年，国民政府在孔庙成立了“国立历史博物馆筹备处”，原清廷学部所藏档案与试卷全部归入历史博物馆筹备处，暂存于敬一亭中，总数约8000麻袋（据王国维说是9000麻袋）。
1921年，该博物馆筹备处一位旗人处长伙同几人，将8000麻袋、总重量为“十五万斤”的明清档案，当做废纸卖给了北京同懋增纸店，换得银元4000。幸得罗振玉偶然发现了一些流入市面的档案材料，找到同懋增纸店。当时同懋增纸店已经把档案当做废纸转卖出了约计1000麻袋，其余部分被老板差人运到了定兴与唐山两地的纸厂，准备化成纸浆制造“还魂钱”。罗振玉最后不惜倾家荡产以1.3万元的高价将剩余的档案全部购回，并分藏在北京和天津两地。此后，因罗振玉购买档案已罄尽全部财力，再无力承担整理重任，将7000麻袋档案以1.6万元的价格转让给了大收藏家，将另一小部分出售给北大国学研究所，另一小部分被伪满洲国购得，1936年又移交给了奉天图书馆。后李盛铎也因财力不济，准备出手。陈寅恪得知后，希望当时任中研院史语所所长的傅斯年能将这批档案买下，胡适也支持陈的建议。经过陈、胡二人的努力，傅斯年向中研院院长蔡元培申请拨款，此后，经陈寅恪与李宗侗共同出面几次与李盛铎协商周旋，总算将这批珍贵文献买下。1929年8月，在陈寅恪等人的积极努力下，这批珍贵档案运往北平北海静心斋，合计约6万公斤，其中2.5万公斤破烂不堪。
抗战时期，在繁忙的教学中，陈寅恪仍致力于学术研究，先后出版了《隋唐制度渊源论稿》、《唐代政治史论稿》两部著作，对隋唐史提出了许多新的见解，为后人研究隋唐史开辟了新的途径。
1946年10月，陈寅恪夫人及小女美延重返阔别九年的清华园，此时的陈寅恪已双目失明，但他决心静下来好好做一番学问，并把自己的书斋取名为“不见为净之室”。
1953年，中国科学院院长郭沫若函请陈寅恪任科学院哲学社会科学历史研究所第二所长。在他1953年12月1日的《对科学院的答复》里，提出就任所长的两个条件。第一条：“允许中古史研究所不宗奉马列主义，并不学习政治。”第二条：“请毛公或刘公给一允许证明书，以作挡箭牌。”并说：“其意是，毛公是政治上的最高当局，刘公是党的最高负责人。我认为最高当局也应和我有同样看法，应从我之说。否则，就谈不到学术研究。”遂不能就任。仍任教于中山大学。
郑天挺说：“陈寅恪为教授之教授，其授课多有学者、教授听讲。陈讲元白诗，第一课是《长恨歌》，首先讲的是杨玉环是否以处女入宫。时有著名话剧导演贺孟斧客居成都，久闻陈大名，想去听课，听说第一课讲处女问题，以为无聊，而罢听课之念，实不知陈以次带出唐朝婚礼制度，实极重要的事情。”
陈寅恪曾讲授元白诗证史课程，以诗证史。中山大学一名叫刘隆凯的学生，也曾听过陈寅恪的“元白诗证史”一课，他根据自己的课堂记录，把陈寅
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