钱穆的故乡在江南水乡无锡的七房桥。父亲钱承沛考中秀才后，因体弱多病，无意科名，但对两个儿子却寄予厚望，希望他们能读书入仕。钱穆7岁入私塾读书，12岁时，41岁的父亲撒手尘世。孤儿寡母，家境贫困不堪。母亲却坚持不让孩子辍学，她说：“我当遵先夫遗志，为钱家保留几颗读书的种子……”于是钱穆得以继续就读。
少时，钱穆就读于无锡荡口镇果育学校。当时教体操的老师是21岁的钱伯圭，曾就读于上海南洋公学，思想激进，系当时的革命党人。他见钱穆聪敏早慧，就问他：“听说你能读《三国演义》？”钱穆作了肯定的回答。老师便借此教诲道：“此等书以后不要再读。此书一开首就有天下合久必分，分久必合，一治一乱之类的话，此乃中国历史走上了错路，故有此态。如今欧洲英、法诸国，合了便不再分，治了便不再乱。我们当向他们学习。”此番话给年仅十岁的钱穆以极大的震动，日后他在回忆此事时说：“此后读书，伯圭师言常在心中。东西方文化孰得孰失，孰优孰劣……余之一生亦被困在此一问题内。”
1907年，钱穆升入常州府中学堂。钱穆所在的四年级在年终大考前，全年级集体提议，请求校方对明年的课程作些改动，要求减去修身课，增加希腊文课等。学生公推钱穆等五人为代表与校长商谈，又?以集体退学相要挟，结果均为校方拒绝。钱穆作为学生代表，性格倔强，于是拒考，填退学书，自动退学。在这次学潮的五位代表中，除钱穆外，还有两位后来成为中国近代史上的著名人物。一位是创办《国故》月刊的常州张寿昆；另一位是江阴的刘寿彭，即“五四”新文化运动时期大名鼎鼎的刘半农；还有两位分别是校长的三弟以及比钱穆低两个年级的瞿秋白。
钱穆因闹学潮退学，回到了七房桥老家。由于钱穆国文和历史的成绩为同学之最，年龄又是最小，所以，校长屠元博虽将他除名，但对钱穆依旧欣赏，于是他荐钱穆到南京钟英中学就读。
钱穆在南京钟英中学求学不久，辛亥革命爆发。学校停办，钱穆辍学了。他自知家贫，升学无望，虽“心中常有未能进入大学读书之憾，但并没有因此而意志消沉。矢志自学，闭门苦读。年十八，即辗转乡村，执教谋生。”十年乡教，十年苦读，十年求索，为他以后的学术研究奠定了深厚扎实的基础。这十年中，他在国学的研究方面成果也不少。后来，他又在朋友的介绍下，开始在无锡、苏州等地的中学教书著述，在刊物上发表了不少学术论著。
1913年，钱穆以没有上大学读书为憾，看到北京大学招生广告，曾准备报考北京大学，不知何故没有结果。但钱穆为准备考试勤读章学诚的《文史通义》和夏曾佑的《中国历史教科书》（前者为必考书目，后者为北京大学教科书），是钱穆自学的开始。他效法古人刚日诵经，柔日读史之例，定于每天清晨读经子难读之书，夜晚后读史籍，中间下午则读闲杂书。几年过去之后，已有博学之名。
钱穆读书常学习古人的治学与为人，及时反省自己。一次读曾国藩家书，曾说自己每读一书必认真从头读到尾。钱穆从此要求每本书都必须认真阅读，不遗一字，读完后再换一本。他从古人身上总结出一条行之有效的经验，便身体力行，规定自己早上读经子，晚上读史，中间读闲书，充分提高读书的效率（刚日诵经，柔日读史）。
钱穆说：“我把书都写好放在那里，将来一定有用。”钱穆一生著书立说，达一千七百万言之多。
晚清以来，随着社会历史条件的深刻变化和大规模的西学东渐，诸子之学的研究逐渐兴起。在这一背景下，钱穆从子学入手，研究先秦诸子思想及诸子事迹考辨，最终完成了中国近代学术史上的名作《先秦诸子系年》。这部著作对先秦诸子年代、行事及学术渊源，以及对战国史的研究，都作出了极大的贡献，深得学术界的好评。
钱穆虽然自学出身，却从不迷信权威。当时学术界正流行康有为《新学伪经考》的观点，顾颉刚也是康的拥护者。钱穆对康的观点十分怀疑，他没有因为顾颉刚于己有恩就放弃己见，而是力排众议撰写了《刘向歆父子年谱》，用事实证明康有为的解决了朱子卒后七百多年来学术思想史上争论不休、疑而未决的一些重要问题。《学案》是他研究理学的重要著作。国际汉学批评家杨联升读《学案》后，赞叹不置，说钱穆治中国学术思想史，“博大精深，并世无能出其右者”。
1967年10月，钱穆应蒋介石之邀，以归国学人的身份自港返台，筑素书楼于台北市士林区外双溪，1968年膺选中研院院士。晚年专致于讲学与着述，虽目力日弱仍随时提出新观点，赖夫人诵读整理出版，谦称为《晚学盲言》。
钱穆的夫人胡美琦回忆：他（钱穆）73岁大病后，身体尚未完全复原，两眼也患目疾，医生不让他过长时间看书，尤禁晚上看书，所以生活较前轻松，然而他白天仍然全日工作，这样直到他《朱子新学案》一书完成，那是他生命中一大志愿所寄。他自己说：以后我要减少工作时间了。但也仍保持着半日
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