1937年9月，在美国的胡适曾为陈独秀联系过一家美国图书公司，请陈到美国去写自传，但陈以“生活很简单不用去美国，也厌烦见生人”为由婉拒。
晚年的陈独秀居无定所。1937年出狱后，先住到学生傅斯年在南京的家中。但抗战爆发，傅举家前往内地，陈便住到学生陈中凡家中。随着抗战的深入，他又移居武汉，后迁到重庆。
1938年8月3日，陈独秀的留日同学邓仲纯（邓稼先的二伯父）多方寻访，找到陈独秀，一定让陈到自己家中居住。陈遂举家迁徙到重庆市西南的江津县。谁知到达邓家后，邓夫人竟以“住房狭小”将他们拒之门外，使他十分难堪，懊丧地说：“倘非携带行李多件，次日即再回重庆矣。”幸蒙同乡旧交方孝远的招待，才在小客栈暂栖下来；7日，又得东门郭家公馆房东同情，挪出楼房一间，住了进去，聊以安身。陈叹道：“出门之难如此。”
1939年1月，陈独秀一家迁入邓仲纯开办的“延年医院”后宅。但邓夫人经常对他们恶言相向。邓仲纯之弟邓敬坤在《我所知道的陈独秀》中道出了邓夫人厌恶陈独秀的原因：“我那位二嫂是个旧脑筋，过去在北大时便对陈独秀爱逛八大胡同，喜欢拈花惹草的风流作派看不惯，生怕陈把我二哥带坏了，眼下对这一对老夫少妻更是万般厌恶，经常恶言恶语地给他们夫妇难堪。偏偏我二哥惧内又是出了名的，不敢出面制止。”
邓敬坤回忆：“民国二十八年夏天，气候炎热，陈独秀也学着当地人的样，上身啥也不穿，下身只穿条裤衩。几家人挤住在一起，男男女女，老老少少，就像当初在汉口难民所里一样，确实不大方便。有一天，我那平常就很顽皮的六岁小儿子，看到陈独秀秃着脑袋，打着赤膊，觉得好玩，就跑到陈独秀背后去摸他的屁股。这样一来，陈独秀大冒其火，责怪我们邓家的小孩没有教养。我不在家，二哥又在前面给人看病，我二嫂原本心里就有气，此时一听‘没教养’几个字，马上火冒万丈指着陈独秀的鼻子喝骂道：‘你说别人没有教养，你还是先看看你自己吧！六十岁的老头子娶人家年轻轻的大姑娘做老婆，你这算什么教养？大热的天几家人挤住在一起，男男女女一大屋人，你一个老东西赤身露体地在中间走来走去，你这又是什么教养？’……”
陈独秀被骂得目瞪口呆，潘兰珍高声和邓夫人吵了起来，邓仲纯闻声急忙扔下病人，飞步跑进院子，厉声喝斥夫人住口。可邓夫人不依不饶，捶胸顿足地边哭嚎边大骂让他们“滚出去”。陈铁青着脸，瞪着歇斯底里的邓夫人，眼中倏然滚出两滴老泪，怆然道：“不要与她一般见识，兰珍，我们走！”说罢，推搡着潘兰珍往楼上走去。当夜，陈独秀便带着一家老小，离开邓家，住进了三通街的栈房里。
之后，陈独秀遂接受江津资本家邓蝉秋、邓燮康叔侄的帮助，迁居到江津城大西门外30余里的鹤山坪施家大院。此处孩子多，院内嘈杂，不利于陈养病、写作，恰巧陈独秀因偶然机会购得本地前清进士杨鲁承的手稿，杨氏的孙子杨庆余得知后，邀陈独秀迁居杨宅，并请陈帮助整理杨之遗著。陈独秀应允，于同年8月又迁居杨宅的偏房（石墙院）。此处十分简陋，陈的卧室上无天花板，下即泥土地，且年久失修，雨天常常进水。室内只有两张木床、一张书桌、几条凳子和几个衣箱和书箱。唯一的装饰是书房墙上挂着一张岳飞写的“还我河山”四个大字的拓片。
陈独秀认真看过杨鲁承的全部手稿后，认为“多系转述古人学说而已，无甚创见，价值不大”，便直截了当告诉杨，不再为杨家整理。杨家早已江河日下，杨庆余为支助陈独秀还与几个兄弟发生了争执。听了陈的话，杨庆余心中愤愤，几乎不再跨陈氏夫妇的门槛，渐渐地也不再送柴米蔬菜了。
有人去采访过石墙院中当年与陈氏夫妇一起生活过的杨明兴、郭碧清、吴元珍，以及陈死后帮他净身、穿“老衣”的胡品中等人。郭碧清说：“我开初不晓得陈先生就是陈独秀，后来晓得了，也不清楚陈独秀是干啥子的。我只晓得陈先生是我杨二爷请上门的客，是个大文化人。经常有人从重庆、江津来看望他，全是滑竿来滑竿去的，外边的人看到了还以为陈先生很有钱，连偷儿也来弄过他一回。其实我们都清楚，陈先生是马屎外面光，穷得遭孽，陈太太天天下午、晚上和我们杨家几个媳妇搓麻将，瘾大胆子小，输多一点，打出一张牌手都在抖，还不是因为荷包里没几个钱。”
杨庆余之子杨明兴说：“陈独秀两口子是1941年春天搬上来的，搬来不久陈先生害病了，要送到重庆去医，连药费都没有，陈太太没法，托吴元珍进城，把一个大官送他的银狐皮袍都弄去当了。有时屋头揭不开锅了，潘兰珍还过我屋来借米。”
北大同学会先是委派罗汉来照顾陈独秀的生活，1939年罗汉在重庆遭日寇空袭时身亡后，北大同学会又委托何之瑜继续照看陈独秀。无论是罗汉还是何之瑜，都有自己的工作，不可能时时在侧。陈的嗣母谢氏此时也与陈氏夫妇一起生活，潘兰珍承担做饭、洗衣等家务，嗣母时已双目失明
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