的《白话唐人七绝百首》作序。
1920年初，蔡元培在《新青年》上发表著名的短文《洪水与猛兽》。他将新思潮形象地比作洪水，将军阀比作猛兽，以为中国现状可算是洪水与猛兽斗，“要是有人能把猛兽驯服了，来帮同疏导洪水，那中国就立刻太平了”。胡适在发表此文的“附记”中强调，这是“很重要的文字，很可以代表许多人要说而不能说的意思”。罗家伦则称之为“光芒万丈的短文”。
蔡元培倡导科学，但他反对陈独秀诸人的唯科学主义无视人类情感的重要性。他说：“知识与感情不好偏枯，就是科学与美术，不可偏废。”
蔡元培认为，战后的欧洲思想界反省自身文化的弱点，许多学者转而向东方文化寻求帮助，是客观的事实。“东西文化交通的机会已经到了。我们只要大家肯尽力就好”。他指示北大国学研究所：“我们一方面注意西方文明的输入，一方面也应该注意将我们固有文明输出”，对此必须“格外留心”。蔡元培说：“鄙人对于中国之将来，全抱乐观”。假以时日，“中国文化，必可以与欧洲文化齐等，同样的有贡献于世界。”
蔡元培曾毫不讳言地表示：“我对于学生运动，素有一种成见，以为学生在学校里面，应以求学为最大目的，不应有何等的政治组织。其有年在二十岁以上，对于政治有特殊兴趣者，可以个人资格参加政治团体，不必牵涉学校。”
1919年7月23日，蔡元培在《告北大学生暨全国学生书》中一方面肯定学生在五四运动中的爱国热情，但同时告诫学生不要因政治问题牺牲学业，呼吁同学们回到教育救国的道路上来，指出：“吾国人口号四万万，当此教育无能、科学无能时代，得受普通教育者，百分之几，得受纯粹科学教育者，万分之几。诸君以环境之适宜，而有受教育之机会，且有受纯粹科学之机会，所以树吾国新文化之基础，而参加于世界学术之林者，皆将有赖于诸君。诸君之责任，何等重大，今乃为参加大多数国民政治运动之故，而绝对牺牲之乎？”
蔡元培亦反对教师罢课。1922年4月9日，在国立八校教职员会议上蔡元培力阻教员罢教的提议。胡适在4月.11日的日记中这样记载当时的情况：“前天（九日）联席会议主张延长春假，——实则罢课之别名，——蔡先生亲自出席，为很激烈的演说，坚执不肯延长，并说：如果教职员坚执此议，他便要辞职，但此次辞职，不是对政府，是对教职员。联席会议的人虽然很不满意，——因为蔡先生还说了许多很爽直的话——但不能抵抗。于是昨日五校一律开课，而联席会议的各代表一齐辞职。”
解放后，钱端升即发表文章说：“北京大学的自由散漫，蔡元培先生是要负一部分责任。”