方面的询问，都是他亲自动笔。”自来台湾，傅斯年几乎把全部的精力都花在校务上，唯一一次陪夫人娱乐就是一起看了场哈孟特电影，以后逢人谈到娱乐就说这部电影。他给李书华的信中说：“几次信都收到，我忙得要死，而写信则懒得要命！”他对李在法国专心做学问，连连说“真是幸福！不胜羡慕”！
有段时间傅斯年左眼血管破裂，读书写作都受到很大限制，他就捂住左眼写字。在读书写字已非常吃力之下，他不得不与秘书那廉君合作。由他来口述成句，那廉君记下话语大意。傅斯年有时为了加强语势，手就拿着烟斗作指挥，而那廉君则埋头伏案挥笔不停地记录。一个出口成章地滔滔不绝，一个不断地奋笔疾书，不知不觉几个小时过去了。后来为了工作方便，傅斯年干脆让那廉君搬到自己家里客房住下。那廉君时常半夜被傅斯年叫来写东西，因为一旦有创作欲望，傅斯年就坐卧不安。他们合作的最后一篇文章是傅斯年为台大大一学生国文课本写的序，这篇文章很特别，全是用菜肴作的比喻，红烧肉、炸丸子……好多让人垂涎的美味都写在文章里，乍一看犹如一个花样翻新的菜单。
傅斯年在台大时，罗家伦经常去看他，每次看老朋友都是一身疲惫地忙着干不完的活，就劝老朋友不要那么卖命。罗家伦反对他的坏脾气，便用傅斯年自己过去的话讽刺刺激他说：“不要和蟋蟀一样，被人一引就鼓起翅膀，摆出一副搏斗的架势，小心遭人反攻。”
早在主持北大工作期间，傅斯年对中国高等教育制度所存在的种种流弊有了深切的体验，从而产生了改革教育体制的一些想法，离开北大前他发表了一篇《漫谈办学》。后来他去台湾担任台大校长，又提笔写了《几个教育的理想》、《一个问题——中国的学校教育制度》、《中国学校制度之批评》等文，将自己在办教育中所经受的苦痛和盘托出，特别提到“改革教育制度，不可不有新风气，若风气不改？一切事无从改，不止教育而已。”