所，占总数近40%，超过正德前140年所建书院的总和。在王阳明、湛若水等人及其弟子门人讲学活动的主要地区，书院增设更盛，如：江西书院达265所，浙江也达173所，广东(含海南)149所。三省之和近600所，占全国书院1/3以上。连西北、西南等边远地区，如甘肃、宁夏、贵州、云南等省区，也创建了不少书院，而且绝大部分为正德年之后所建。
正德、嘉靖两朝对书院发展采取支持、鼓励的方针，促使书院蓬勃发展，结果发展规模扩大，书院数量猛增，书院讲学的宗旨和内容也出现不合官方意图的趋势。朝廷感到有失控的危险。尤其是不少书院被卷入朝野政治斗争的风浪中，引起朝廷的警觉，在某些政治势力的操纵下，自嘉靖后期起，多次出现禁毁书院的事件。但是，书院具有强大的社会影响力和生命力，事实上是禁而不止，毁而难废的。
纵观明代书院的发展，明初百余年，“国学网络人才，士之散处书院者，皆聚之于两雍，虽有书院，其风不盛”。正德之后，“国学之制渐堕，科举之弊孔炽，士大夫复倡讲学之法，而书院又因之以兴。”(《江苏书院志初稿》)王阳明等人聚徒讲学，倾动朝野，东南景附，远近相望，流风所被，书院顿盛。至东林书院兴，其讲学力主“讽议朝政，裁量人物”。朝廷又采取了粗暴地禁毁措施，然而又禁而不能止。