教方针的重要组成部分，又是“汉化”文教方针的具体体现和实际内容，也是“汉化”文教方针得以顺利持续推行的制度保证。
元代书院政策的制定、确立和发展，经历了一个由不自觉到比较自觉，由不成熟不稳定到比较成熟比较稳定的过程。大体上可以说，元代对书院采取了由注意保护到鼓励发展，又由积极创办到加强控制的政策。
元代初入中原时，对书院采取了注意保护的政策。元世祖中统二年(公元1261年)六月，下令保护一切文化教育设施，规定：“宣圣庙及管内书院，有司岁时致祭，月朔释奠，禁诸官员使臣军马，勿得侵扰亵渎，违者加罚。”当时主要是从政治上考虑，树立“施仁发政”的形象，尽量缓解被占领区军民的反抗情绪，对儒士文人采取安抚怀柔之策，其目的在于表示“上答天意，下结民心”，“国家育才待聘风动四方之美”。这一措施取得了积极的效果，奠定了元代书院发展的基础。
早在元太宗八年(公元1236年)行中书省事杨惟中，跟随皇子库春征宋时，就注意收集大量宋儒所著经籍图书送至燕京，并立宋儒周敦颐祠，建太极书院，延名儒赵复讲学其中。这是元代自建的第一所书院，也是中国北方地区设立书院的开端。但由于当时的主要精力仍在军事征讨，而且书院原多在南方，北方士人多不熟悉，所以反响不大。
随着巩固中原，统一江南的进展，文教建设日渐迫切。元代统治者对书院采取了积极创办、鼓励发展的政策，至元二十八年(公元1291年)明文规定：“先儒过化之地，名贤经行之所，与好事之家出钱粟赡学者，并立为书院。”此后书院得到了充分的发展。
元代对书院采取积极创办，鼓励发展的政策，并非放任自流，而是逐步加强控制。一方面反映了元代统治者对书院的重视，加强管理，为书院的发展提供了可靠的保证；另一方面也限制了书院讲学自主灵活等特色的发挥。这是封建统治者难以克服的一个矛盾，鼓励发展担心失控造成威胁，加强管理又会管死，失去书院的特色。特别是在元代统治者内部对保护和鼓励发展书院的政策充满着矛盾和斗争，一部分官僚贵族不赞成保护和发展书院。据记载，著名学者许有壬之父去世后，门人弟子为纪念他，建东冈书院以为育才之地。南台监察御史木八剌沙吹毛求疵，百般刁难，极言书院不当立，并造浮辞，加以诬陷，许有壬被迫称病归里。书院当立不当立，仍然反映了对“汉化”方针的态度。鼓励发展、加强控制在一定程度上也是统治者内部矛盾斗争的产物。