南宋书院的勃兴与理学的发展有密切关系。南宋理学学派林立，流派繁多，除以朱熹为代表的程朱学派(也称闽学，或称考亭学派)之外，还有以陆九渊为代表的象山学派，以吕祖谦为代表的浙东金华学派(也称婺学)和以张栻为代表的湖湘学派。此外，以陈亮为代表的永康学派和以叶适为代表的永嘉学派(合称为事功学派)对南宋书院的勃兴也有相当大的影响。
(1)陆九渊和象山学派与南宋书院
在朱熹将理学推向成熟阶段的同时，陆九渊独树一帜，别开门户，创象山学派，形成朱陆对峙之势。
陆九渊和象山学派同样热衷于书院讲学，对南宋书院的勃兴产生了重大影响。
陆九渊幼年读书于家塾，10岁以后随兄读书于抚州州学和金溪疏山寺。乾道八年(公元1172年)春试得中进士。归故里，建书斋读书，继而建槐堂讲学。杨简、桂德辉、傅梦泉、刘伯文、刘伯协、周伯熊、陈刚、彭兴宗、朱桴、朱泰卿等都来就学。陆九渊教学，先教人辨志、辨义利，令人求放心，不以言语文字为意。多年后，地方官员在金溪县陆九渊讲学处建槐堂书院。
淳熙八年(公元1181年)曾应朱熹之邀，在白鹿洞书院讲《论语》“喻义、喻利”章。淳熙十年，在孝宗召见时，公然批评朝廷“临御二十余年……版图未归，仇耻未复”。贬谪至台州主管崇道观。学者四方云集，乡曲长老也俯首听讲，徙寺观讲论，环而听者二三百人，槐堂至不能容。遂登贵溪应天山，建象山精舍讲学。
据记载：陆九渊在应天山讲学，每旦精舍鸣鼓，则乘山荞〔jiao交〕至讲堂，从学者各以小牌，写上自己的姓名、年甲，顺序进谒，约数百人，皆齐肃无敢喧哗、交头接耳者。“首诲以收敛精神，涵养德性，虚心听讲”，很像现代的组织教学。其讲经书，每启发人之本心，间又举经语为之论证，闻者莫不感动。初见者或欲质疑，或欲致辩，或以学自负，或立崖岸自高者，闻诲之后，多自屈服，不敢复发。其有欲言而不能自达者，则代为之说，宛如其所欲言，及从而开发之。至有片言半辞可取，必奖进之。诸生皆感激振奋。
象山精舍，不先建斋舍，不提供饮食，不立学规，全凭精神感化。居山间讲学，前后五年，著录听讲者逾数千人。陆九渊象山精舍讲学，强调以“明理”、“立心”、“做人”为本，与朱熹所主张的书院教育有着显明的区别。象山精舍或称象山书院成为南宋最具特色颇有影响的书院之一，是陆九渊象山学派的发源地和学术中心。
在中国学术史上产生重要影响的鹅湖之会是经吕祖谦周旋安排的一次朱陆学术论辩的集会，为纪念鹅湖之会而创建的鹅湖书院也成为南宋闻名的书院。
鹅湖之会是于淳熙二年(公元1175年)吕祖谦邀陆九龄、陆九渊兄弟与朱熹相会于信州铅山之鹅湖寺，中心论题是“为学之道”，“论及教人”。据《象山年谱》记载：“鹅湖之会，论及教人。元晦之意，欲令人泛观博览而后归之约；二陆之意，欲先发明人之本心而后使之博览。朱以陆之教人为太简，陆以朱之教人为支离，此颇不合。先生(陆九渊)更欲与元晦辩，以为尧舜之前何书可读？复斋(陆九龄)止之。”
理学后学为纪念“朱陆之会”，于鹅湖寺建四贤堂(祠)，祀朱、吕和二陆。淳祐十年(公元1250年)江东提刑蔡抗于寺旁建书院，理宗赐名“文宗”。鹅湖之会的意义在于理学各派学术论争的历史价值，对书院教学提倡学术论争有良好的影响。鹅湖书院实际上成为书院与理学论辩有密切关系的一个象征。
陆九渊门人弟子众多，有不少人创建书院讲学。
江西陆门弟子与书院教育
陆九渊在槐堂、象山精舍讲学，江西弟子甚众，建书院讲学者很多，在江西形成一个重要的陆学研究和传播中心。
傅梦泉，为陆九渊的得意弟子，在《宋元学案·槐堂诸儒学案》中名列第一。陆九渊赞誉他“人品甚高”。淳熙二年(公元1175年)登进士第，教授澧州、衡州，曾修石鼓书院，主讲其中，士人从之学者甚众。陈傅良曾与之讲论，也深为佩服。知宁都，曾于城市之南讲学，以从学者日众而构室居之，号曾潭讲堂。朱熹、张栻都曾与他有过学术交往，虽学旨有异，但都予以很高的评价。
邹斌，初从学于陆九龄弟子李德章，后从陆九渊学。朱陆鹅湖之会时，曾随陆前往与会。袁甫建象山书院，拟聘请他主持教事，因年老病辞。所居号南堂，藏书万卷，弟子甚众。
晁百淡，从学陆九渊，登淳熙二年进士，授吉州教授。后知南康军，曾到白鹿洞书院拜谒，入仕40年，家无余财，家居聚徒讲学，在临川铜鼓山建有碧润书院。
董德修，先入象山之门，隐居力学，终日静坐，潜心理学。后从之学者日众，在其居处流坑建心斋书院。
吴绍古，曾从陆九渊学于应天山，结庐而居，建草庐于濯缨，陆九渊曾亲书“濯缨”斋名相赠。家居饶州安仁(今江西鹰潭市余江
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