在被问及何人、在何地搞无线电台时，叶企孙交代说：“作无线电台是在清华同学会，是我安排在三楼一间房子里作电台，我是清华大学临时办事处负责人，他们两人来也是找我。不久，熊大正来了，时间是端午节，从冀中到天津的，住在清华同学会。熊大正来了之后，和我讲了一些冀中情况：1.货币情况；2.经济商业情况；3.交通情况；4.军队情况没谈多少。我和熊大正讲过吕正操应该同鹿钟麟取得联系，这是我的意见，熊大正赞成我的意见，并说这件事还得看情况。我们当时在吕鹿问题上定了暗号，用‘吕鹿合婚’的暗语与熊大正互通情报。”
因叶企孙已经牵涉到控制中共冀中军队的吕正操，与时任国民党政府河北省主席的鹿钟麟的敏感问题，而鹿在河北建立敌后省政权，又曾与八路军发生过摩擦和不快，此事立即引起了审讯人员的警觉，随后的问答也变得紧张、简短、尖锐起来。
问：目的是什么？吕鹿合婚目的？
叶：我的目的是支持蒋介石。
问：吕正操当时受谁领导？
叶：是共产党领导。
问：鹿钟麟当时受谁领导？
叶：是蒋介石领导。
问：吕鹿合婚你主张由谁领导？
叶：我支持蒋介石，由蒋介石领导。
问：交代以后如何搞吕鹿合婚及通情报问题。
叶：我于1938年10月5日离开天津到上海，10月底到香港，11月10日在香港收到熊大正的来信（熊大正的信是从天津发到香港。信中谈到吕鹿合婚等情况，详见原信件），信中说：“林兄近日对生等印象不佳，现为生详为解说，不快之感已去，并愿与生合作编辑书籍之事。”这段话的意思是说，林风对参加冀中工作不满，“编辑科学书籍”，此话是指“参加冀中工作的问题”。
问：熊大正在冀中工作与林合作“搞编辑科学书籍”之事，你必须交代实质问题！叶：说不清……问：南方家中指什么？
叶：是指西南联大。我给熊回了2－3封（信），内容记不清了。我是从1938年11月底由香港回到昆明，1939年3月朱家骅从重庆给我来电报，电文是“生死莫卜”，意思是指熊大正在冀中被捕生死不知。朱家骅怎知熊大正被捕之事？朱是从天津党政军办事处那知道的。天津党政军办事处知道我与熊大正很熟，所以他们叫朱家骅给我打的电报，我接到朱家骅电报后，给朱家骅回信，叫朱家骅营救熊大正。
问：还采取什么行动营救熊大正？
叶：我在1939年4－5月到昆明找到国民党中央研究院叫陶孟和（社会科学所所长，在叶企孙领导下）帮忙，请他再托人帮助营救熊大正，但是不久在昆明路上听说熊大正死了。谁说的记不清了。
第一个回合的审讯结束后，紧接着是第二个回合、第三个回合与无数个回合的交锋。审讯内容仍是围绕上述两大主题展开。从部分审讯材料看，“专案组”对叶企孙如何进入中央研究院，以及是否加入陈立夫的C。C。特务组织之事，似乎更加关注。
在抗战期间和胜利之后，没有人特别关心朱家骅、叶企孙二人的关系，当时学术界知识分子普遍认为，叶氏暂辞清华大学“特种委员会主任”，加盟中央研究院并出任总干事一职，属于正常的工作调动，没有任何特殊的背景和政治色彩。想不到二十个春秋之后，这个简单的工作调动已变得不再普通和寻常了，叶企孙与朱家骅的关系，由此成为决定他在深牢大狱中待多久，甚至是能否保住人头的焦点所在。按照叶企孙的交代，他突然转行出任中央研究院总干事，主要是朱家骅的盛意。叶说：“据吾推测，中央研究院要吾担任总干事的理由，是因为吾对各门科学略知门径，且对于学者间的纠纷，尚能公平处理，使能各展所长。”
在叶企孙当时和之后的岁月里，他认为此事只是人生历程中一个很小的平常枝节，没有什么值得特别说明的。但是，在“专案组”人员看来，问题却没有如此简单。因为办案人员已从梅贻琦与叶企孙的学生、后来担任清华大学中层领导的某君处得到了一份秘密揭发材料，声称：梅贻琦与叶企孙二人均是朱家骅手下的国民党“中统”特务，且“中统”在清华还有一个分支机构，主要负责人就是校长梅贻琦。为证明这个说法成立，某君解释道：“叶企孙是理学院长，一向梅贻琦因事外出，总是由叶企孙代行校长职务，即在抗日战争前后都是这样做的。直到解放后，还是沿袭过去惯例由叶担任过一个时期的校务委员会主席。当时伪教育部长朱家骅是反动组织‘中统’头子陈立夫手下的第一名打手，与叶的关系相同于梅与朱的关系。因此，我认为朱家骅不可能不拉叶参加这个反动组织。”
在被拘押前，叶企孙于1968年1月22日向“专案组”就自己与朱家骅相识与共事经过，曾作过如下交代：“1918年8月，我同朱家骅同船赴美国留学。那时吾同朱并不熟识。朱不是清华公费生。到美后，吾同朱并不同学，也不通信。朱留美不久，即转往德国留学。
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