“只许老老实实接受改造，不许乱说乱动”，否则，党纪国法伺候。
来到武大的曾昭抡自是知道自己的处境和身份，再次显示了湘乡蛮子“埋着脑袋绊犁”的“黄牛性格”，而祖上“好汉打脱牙和血吞”的家训，使他于痛苦中更加省悟了忍韧的重要，自此闭上了嘴巴（当然，也不允许他开口），将自己后半生的全部心血倾注于业务上。因几年没有参与教学工作，曾氏一头扎入图书馆和资料室，开始查阅文献资料，了解最新的前沿科学知识，以便尽快进入已有些陌生的教书先生的角色。对于这一时期的情形，曾昭抡的助手刘基万许多年后仍记忆犹深：“他高度近视，但查资料的速度却十分惊人。只见他小跑一样在书架中穿梭，很快抱出一摞书，摘完后又快速归还原处，马上又抱出一摞。蝇头小字在卡片和笔记本上记得密密麻麻，不少地方还贴上小纸条，精心写着补充或注释。无论是刮风或下雨，严冬或酷暑，总见他穿得比常人少，戴顶褪色的旧帽，脚指头露在鞋外，斜扣着衣扣，提着个旧书包，专心致志地做学问。一天深夜，他提书包回家的路上，不小心撞在树上，碰得满脸是血，跌倒在东山头山坡下，路过的工人听到哼声，才将他扶回家去，第二天他照样上班。”众人皆知，武汉大学校园在著名的珞珈山上，以其地形地物和曾氏的压抑郁闷心情，出现深夜回家撞到树上的情景应是真实的。
1959年底，因曾昭抡确实做到了“老老实实”，没有“乱说乱动”，同时出于业务上需要，被校方任命为化学系元素有机教研室主任。当了主任的曾昭抡除给学生上课和指导教师的教学研究工作，仍是图书馆和阅览室的常客，并以惊人的毅力查阅了近1500篇次文献资料，在两年左右的时间里写出了140万字左右的《元素有机化学》教材，由武汉大学出版社作为内部参考资料出版。这是中国第一部该专业方面的参考书，尽管当时纸张奇缺，印刷水平不高，但该书甫一问世，即在国内化学界产生巨大影响，并受到有关研究单位和高等院校的高度评价，纷纷要求正式出版。未久，中国科学院所属科学出版社派出编辑部负责人专程赴武汉大学找到曾，欲把这部书稿作为国际交流图书由该社作为特约书稿出版。后经曾昭抡带病修改，全稿分为六册交由科学出版社出版。不幸的是，这部丛书只出版两册，“文革”爆发，后四册就此夭折，原稿在“革命”风暴中散失，由此成为曾昭抡死前最大的憾事。
1961年暑假，处于政治旋涡中的曾昭抡仍摆脱不了心中的压抑与苦闷，加之过度劳累，住进北京阜外医院，确诊为淋巴癌，不得不住院通过采取化学疗法控制病情发展。曾氏的爱妻俞大絪闻讯心如刀绞，一方面竭力为曾提供必要的医疗条件；另一方面，千方百计向病人封锁病情消息。经过一个多月的精心治疗，病情得到控制，曾昭抡又回到武大任教，从教师和学生中挑选了7名助手研究有机化学的相关课题。1964年，曾昭抡按惯例向学校党委写的一份思想汇报中称：“我虽年老有病，但精神未衰，自信在党的领导下，还能继续为人民服务10年、20年，以至更长的时间，争取为国家做出更多的贡献。”
曾氏理想虽高，只是命运之神不会遂他之愿了，随着“文革”爆发，他的爱妻俞大絪在不堪凌辱折磨中自杀，而武大党委以“参加武大文化大革命”为由，拒绝曾昭抡赴京办理丧事的请求，一对天作之合的恩爱夫妻，在生命的尽头未能见上最后一面。躺在北大燕园的俞大絪尸体被造反派找人拉于火葬厂火化，骨灰被抛入荒野。曾家的财物全部被造反派没收拉走，住房被他人占领。曾昭抡独自于荒野中翘首北望，含泪祈祷妻子在天堂安息的同时，心中明白，随着妻子撒手归天，自己算是彻底被扫地出ib.门，要做异乡之鬼了。
事实上，就在北京大学进入疯狂“革命”的时候，武汉大学也开始了大规模革命行动。此前，因毛泽东提出“人有多大胆，地有多高产”的口号，身为武汉大学校长的李达认为不合实际，以老同志的资格曾与前往武昌视察的毛泽东当面争论起来，结果是两人争得脸红脖子粗，不欢而散。再后来又由于林彪提出的“天才”、“顶峰”等高帽子问题，李达心中不服，又与前往武汉观察的毛泽东发生了争执。两次争执，使李达在毛泽东心目中的地位一落千丈，并为李的惨死埋下了伏笔。“文革”爆发后，中南局与湖北省委一些平时与李达关系不睦的当权者，见时机已到，开始借机发难，欲置李氏于死地。湖北省委一位当权者公开放言道：“1958、1959年以前咱们对他还有点怕。……我所说的怕，把话说透了，就是因为我们知道李达和毛主席有关系，主席很器重他，表扬过他，主席还叫他编书嘛！后来我们决定打倒他，就不许他走。怕就怕他去北京向毛主席告状。”对方的奇招秘诀果然奏效，再大的英雄身陷绁缧也无计可施，结果是湖北省委发动群众把李达揪出来公开批斗，并以种种方法加以折磨，意在尽快将其置于死地。李达在被斗得奄奄一息之际，偶尔得知毛泽东正在武汉视察的音讯，遂打起精神，想方设法向毛泽东秘密发出了一封简短的求救信：
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