增，又于1954年3月，以华东文物工作队队长的身份，率领南博同仁与山东省文管会，共同发掘了著名的山东沂南汉代画像石墓，收获颇丰。前后两次重要发掘成果，皆以曾昭燏为主编，撰成《南唐二陵发掘报告》和《沂南古画像石墓发掘报告》分别出版。两部大书中均有曾昭燏单独撰写的章节，她在中央大学随胡小石读书时打下的深厚功底，与伦敦大学留学时学到的新知识，在这两部报告中得到了全面展示，其精辟的见解和渊博的学识，使两部报告的学术地位得到了大幅度提升，为全国学术界所重。
山东沂南汉代画像石墓发掘完毕之日，正是新发现的郑州二里岗商代古城遗址即将大规模发掘之时，同年10月18日，中央文物事业管理局电调华东文物工作队支援发掘，曾昭燏与南京博物院考古部主任尹焕章（南按：抗战前殷墟发掘的参与者，史语所“十兄弟”之一）率队赶赴郑州，与河南省文物工作队第一队合并组成一队，任正副?队长事，共同进行郑州二里岗遗址的发掘。1955－1958年，曾昭燏、尹焕章又率领文物工作队先后四次对南京北阴阳营遗址进行考古发掘。其间，安徽寿县发现蔡侯大墓，曾氏率队于1955年5－6月，转赴安徽与当地文物工作者一起对蔡侯墓进行发掘、清理，对出土的大批珍贵文物想法进行有效保护、收藏。1960年，曾氏再度率队赴江苏连云港，对二涧遗址进行了首次发掘……一次次的考古发掘，使曾昭燏在国内外所学知识得到了充分发挥，也使南京博物院迎来了历史上最为辉煌的时代。未久，曾昭燏又与尹焕章合作完成了《试论湖熟文化》一文，随后又系统整理江苏地区考古资料，写出了《江苏古代历史上的两个问题》长篇论文，刊发于《江海学刊》。这一切，意味着曾昭燏与南京博物院研究人员的学术业绩进入了黄金时代，此为曾氏个人之幸，更是整个南京博物院全体同仁的光荣。
为使已发表的学术论文更趋成熟，并为新的课题研究打下基础，曾昭燏认为必须到各地实际调查访问，广泛搜集资料加以鉴别研究才能达到国家和世界级的学术水准。两年之后，曾、尹二人开始行动，陆续走访了上海、浙江、广东、山东、湖南、湖北和江西等七个省市，对各地的藏品、遗址与出土器物做了大量的调查研究，终于将初稿修订完成，并作为《江苏省出土文物选集》的“前言”发表。这篇论文是新中国成立以来江苏地区考古的综合研究成果，又是利用考古发现的实物资料印证有关文献记载对江苏古代史问题的一次充分探讨，其力透纸背的功力与深邃的学术洞见，散发出璀璨的光辉而弥久不衰。
与此同时，曾昭燏凭借十几年对博物馆事业的研究和实践，先后撰写了《博物院藏品的征集、保管工作》、《南京博物院十二年远景规划纲要》（草案）等富有前瞻性的计划，为长远发展奠定了坚实的基础。南京博物院作为业内的一个庞然大物蹲立于长江之岸，俯看江南，北望中原，傲视群雄。曾氏领导的南博与夏鼐主持日常工作的中科院考古研究所南北呼应，一个新兴的格局业已形成。曾昭燏与夏鼐作为业内两只硕果仅存的留英“海龟”和这一领域的顶尖学者，被当时文博界称为一对并驾齐驱的魁首，具有“南曾北夏”之称。1954年9月9日，经历了如同一只见尾不见首的飘浮于人间天龙般神秘兮兮的“组织”考验，侥幸得以过关的曾昭燏被“扶正”，正式出任南京博物院院长，掌控全院通盘事务。像年轻的夏鼐进入中国科学院考古所一样，当年曾昭燏不去台湾而留在大陆的抉择，此时看来是明智的。
1956年，曾昭燏作为全国政协委员出席会议，其间受到毛泽东等中央领导人宴请，曾氏也得有机会一睹天颜。就在这次宴会上，毛泽东与曾昭燏等几位女性“碰了杯，喝了酒”，天南地北地畅谈了一通。当问及曾昭燏的身世与职业时，毛自是大感兴趣，对曾氏家族的历史与功绩大谈了一番。毛泽东的母亲是湘乡唐家坨人，少年毛泽东曾在湘乡外祖母家生活并入学读书，对湘乡大贤特别是曾国藩推崇备至。1913年春，毛泽东进入湖南省立第四师范（随即并入第一师范）求学，在为期5年半的学习生涯中，青年毛泽东在恩师杨昌济指导、影响下，认真研究过“立德立功立言三不朽，为师为将为相一完人”的曾国藩思想。从毛当时听课的笔记本《讲堂录》中可以看出其潜心阅读《曾文正公家书》《曾文正公日记》《圣哲画像记》等书。1917年8月23日，毛泽东在致黎锦熙的长信中写道：“天下亦大矣。社会之组织极复杂，而又有数千年之历史，民智污塞，开通为难。……愚于近人，独服曾文正。观其收拾洪杨一役，完满无缺。使以今人换其位，其能如彼之完满乎？”此段叙述，可见青年毛泽东对曾文正公之倾心和仰慕之情。正是这一历史渊源与风云际会，令毛泽东对曾昭燏留下了深刻印象，并在一次讲话中特地提到曾昭燏，说“曾国藩的后代，还有个叫曾昭燏的”云云。