表了声明，命运开始有好转。
6月26日，《人民日报》发表了华罗庚、千家驹、童第周在全国人民代表大会上的联合发言，认为《意见》中关于重视资产阶级的社会科学，强调人民内部在培养机会上应一视同仁，保护科学家等意见，都不符合事实。7月14日，《人民日报》登出了华罗庚《我愿以这件事作为教训》的检讨书，对不赞成“外行领导内行”的观点作了自我批评，表示：“党能够领导科学，能够领导教育，能够领导知识分子。”因了这一连串不断弯腰点头作揖的检讨，加之周恩来及时出面援手保护和周旋，童第周、华罗庚二人侥幸成为漏网之鱼，暂时没有被缉拿归案，而其他“六教授”则被一网打尽。
1957年7月中旬，中国科学院哲学社会科学部在北京饭店举行声势浩大的批判曾昭抡等六教授“反党反社会主义科学纲领”大会。出席会议的有一百多名专家学者。会议连开五天，中科院主要领导和大小喽啰们纷纷发言，对曾昭抡等右派分子进行“愤怒声讨”。会议认为“民盟中央科学规划临时小组的‘几点意见’，实际上就是一个在科学工作方面的反社会主义的资产阶级纲领”，是“右派分子企图夺取国家领导权，首先是文教工作的领导权的阴谋的一部分。”就在众人于统一步调的大呼小叫中，突然，从羊群里蹦出一匹老马，冲全场发出了与众不同的嘶鸣——这匹半道杀出的老马便是大名鼎鼎的陶孟和。
在国民党行将崩溃、全面撤出大陆的前夜，由于陶孟和与国民党不同的另类思想和对共产党的同情，使他坚决地率领本部人马离开中央研究院大本营，转战四方，最后下得水泊梁山大寨，重投新主。
1949年4月23日，陶孟和以极为亢奋的心情出席解放军占领南京的仪式。第二天，中国人民解放军第三野战军司令员陈毅身着灰布军服，带一位警卫员，来到中央研究院社会研究所办公楼看望陶孟和，由于陶事先不知道陈氏到来，当然也不认识陈某人，乃像往常一样身着长袍至会客室相见，待互道姓名以后，方知对方身份。据陈毅说，他早年在北平中法大学读书时，曾读过陶孟和发表的一些文章，受到启发，并留有印象云云。到底读过什么文章，则没有说出。在解放军渡江前夕，陶孟和与几位同道者在报纸上发表了一系列如国宝不能南迁台湾等文章，已被这位陈司令员所闻并表示赞赏——这或许正是陶孟和所要达到的效果。此次会谈，陶孟和与傅斯年等人大不同的另类思想，以及甘为共产党效力的表态，令掌控生杀予夺大权的陈毅司令员非常满意。
同年5月17日，中国人民解放军南京军管会文教会派赵卓到南京北极阁中央研究院总办事处，召集员工联谊会理事会，陶孟和积极出面支持军管会的要求。在中央研究院各所被新成立的中国科学院接管之前的一段空隙里，根据南京军管会安排，曾成立中央研究院院务委员会，维持南京各所的日常工作，共选出14位委员，陶孟和为主任委员。9月，中国人民政治协商会议第一届会议在北京召开，陶孟和以“特别邀请人士”身份出席会议，被选为政协全国委员会常务委员。
1949年10月19日，成立未久的中央人民政府委员会第三次会议，组成了以郭沫若为院长，陈伯达、李四光、陶孟和、竺可桢为副院长的中国科学院。陶氏能挤进新生的中国科学院并出任高官，据说是陈毅出面向中共中央力荐的结果。陶孟和当年的心思总算没有白费，在改朝换代的历史形势下，其政治理想如愿以偿。11月1日，中国科学院在北京正式办公，后来即以此日为中国科学院成立日。院址最初借用东四马大人胡同10号，11月23日迁入王府大街9号；1950年6月23日迁至文津街3号；1966年迁往西郊友谊宾馆北馆；1970年7月，迁往三里河路52号。建院之初，科学院下设办公厅和研究计划局、国际合作局（联络局）、出版编译局等三个局，陶以副院长的身份兼任出版编译局局长。
有些巧合的是，中国科学院院于1950年迁入的文津街3号，正是30年代原社会调查所与静生生物调查所旧址。已成为中科院副院长的陶孟和，办公室就在他原任社会调查所所长的那间屋内。想不到在风风雨雨，硝烟炮火中绕了大半个中国，人到白头又回到了事业起点的位置。旧地新任，百感交集，陶孟和自是嗟叹不已。尽管他不再像当年那样年轻和朝气蓬勃，不再为自立山头还是归附水泊梁山聚义厅之问题与中基会总干事任鸿隽不惜一战，但面对旧屋中的那把显然有所增高的坐椅，内心深处对新政权的恩情还是由衷地感激，并力图在科研事业上有所贡献。正是怀揣着这样一个伟大梦想，在新中国刚刚成立之时，他与同时被任命为副院长的竺可桢从北京返回南京、上海等地，以各自在学术界的声望和影响，同时以新任党国大员的威力，动员收拢已散落于各派系山头和流落于江湖中的旧部与科学界好友留在大陆，以为新中国效力。只是出乎陶孟和预料的是，当他坐在副院长的高大椅子上环顾四周，突然发现面临的处境并不容乐观，且越来越陷入有苦难言的尴尬境地。就当时的情形论，作为
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