研究院”院长，力邀董作宾返台继续从事以前的教学与研究工作。已感郁闷至极的董作宾听从了胡氏召唤，于当年秋辞却港大职位重返台北。返回史语所的董作宾已无职务可言，亦无组可归，只好专任台大教授，处境很是尴尬。作为院长的胡适深感过意不去，经过一番苦心孤诣的琢磨权衡，终于想出了一个令各方面都能接受的两全办法，即在史语所成立一个甲骨学研究室，由董作宾担当主任主持工作。当时史语所内的考古馆已落成，正好让此研究室进驻并有充足空间来做甲骨文研究。对于这个微妙的方案，董作宾自己说：“这是我可以竭其残年，再报效于甲骨学的一个机会。”按石璋如的说法：“就编制而言，成立‘室’而非‘组’，是因为在组织规程中，室可大可小，大者可与所平等，小者可附属于所。不过这时我们也没有想太多。”甲骨学研究室就在这样的背景下，于1958年11月鸣锣开张，抗战时期在李庄招来的人员屈万里、张秉权、刘渊临等继续协助董作宾工作。
胡适弄出的这个方案，由于内含不足为外人道的微妙关系，自然引起了外界议论与猜忌。如有李敖者就曾对此放言道：“董作宾丢掉史语所所长以后，无组可归，于是专门成立了一个‘甲骨学研究室’，这是为了脱离李济的压力、挽回自己面子的一个伏笔——他也预备有朝一日脱组而出，另成立‘甲骨学研究所’。可是所未成而身先殁。”事情就这样泡了汤。李敖所说有无道理尚可讨论，但谓董作宾“身先殁”，则是1963年的事了。这一年的台湾学界不止董作宾一人去世，走在他前面的重量级人物还有两位，一是朱家骅，另一位就是董同龢。
对于董作宾等三人的死，石璋如在晚年曾以哀惋的心情说：“五十二年真是不幸的一年，有好几位同仁过世。1月3日晚，王志维电告朱前院长于当日下午去世。朱先生是研究院奠基南港的重要人物，任期也长，对研究院有所贡献，老同仁对他都有感情，听说了讯息都非常难过。”朱家骅去世后，于5月15日安葬于阳明山。按石璋如的说法，“由于上山耗时较久，十点钟始举行安葬式，稍微公祭一下十点半即结束，比起胡先生简单得多”。
很显然，与胡适比起来，朱氏的葬礼“简单得多”的根本原因恐怕不是一个上山费力耗时可以解释的，其背后深层的原因一言难尽——尽管死后蒋介石亲临吊唁，并特赠“怆怀勋硕”挽额，其间的裂隙和隐情又令旁边者看得分明。无论如何，朱家骅作为在中国政坛、学界曾呼风唤雨、威震朝野、纵横三十余年的重量级“大鳄”，就这样从芸芸众生的视线中消失了。
朱家骅入葬33天后，即6月18日，董同龢随之而去。石璋如说：“董同龢先生是我们同辈之中最聪明能干，也最用功的人，常有自己的主张，连傅先生也说服不了他。在抗战大后方，他还是副研究员的时候就获得过杨铨奖学金，可见才气之高。”石氏所说的董获奖金之事，是在四川的李庄。那时的董同龢可谓风华正茂、意气风发、心高气傲，大有紧随傅斯年“目空天下士”的气势。可惜天妒英才，不幸患了肝癌，未能挣脱死神的召唤，至堪扼腕。
董同龢走后5个月的11月23日，董作宾先生也过世了。石璋如说：“恰逢美国总统甘乃迪（肯尼迪）遇刺身亡日，我们说董先生是大人物，能与甘乃迪同日过世。董先生的身体底子并不坏，只是不爱运动，而且董先生既忙着《大陆杂志》社的事，又担任所长，去香港任教回台又担任甲骨文研究室主任，事情非常忙，因此同仁曾劝他装假牙，但他忙到没有空去。牙齿不好就吃不好，连带消化不好影响健康。董先生要是早日治好牙齿的问题，身体就容易养好了。”
作为同乡兼同事，一起共事几十年的石璋如，可谓对董作宾有深透的了解。但世间的事往往旁观者清，当局者迷，董作宾可能意识不到一个牙齿的问题竟引来这么多麻烦，且引得死神找上门来纠缠不休，最后竟把命丢掉。不ｌiｂ?过，石氏之说也只是一家之言。据董作宾的儿子、曾给蒋介石当了几十年御医的董玉京说，董作宾在此前许多年就已患有高血压、心绞痛、心肌梗死症和有家族性遗传的糖尿病等，正是这成堆的疾病综合征，导致其在不该中风的年纪就已得过一次轻瘫，而且一直未能复原。
从董玉京后来编写的年表可知，1959年，也就是董作宾从香港返台8个月后的5月10日，就“忽膺中风，不能言语，入台大医院治疗三月而愈，然自后语言即告蹇涩”。之后，董氏的身体每况愈下，直至再度心脏病复发和中风不治。前往医院探视的石璋如等人看到：“董先生嘴巴歪了，也无法言语，当时大家医学知识有限，均不知是何毛病，后来才晓得是中风（脑溢血）。董先生住院期间，女儿常在旁照顾，董先生经常昏迷，神志不清，连拉出屎都浑然不觉，吃得也很少，偶而才神智清醒，还能说笑，这时症状应该是稍有改善了，吃得也比较多。特别是11月22日，董先生清醒过来，交代了一些话，我们都稍微安了些心。没想到23日董先生就过世了。像他平常是这么痛快的一个人，身体要是不好，也不能拖这么长时
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