60年，原子炉炉房、原子炉实验室、核子工程馆、同位素实验室相继完工。1961年4月，原子炉装置完成，临界试车顺利。1962年3月，物理馆扩建工程完成，化学研究所和应用物理研究所相继创立。如此快捷的建筑速度，被台湾学界称之为“魔术师般的神速”。自1956年7月始，袁家骝、吴大猷、邓思黎、钱家骐、陈省身、孙观汉、傅瑞雪、马祖圣、徐贤修等海外华人学者，与一大批外籍学者如小谷正雄、李德曼、斋滕一夫、真田顺平、布来德等著名人士前往任教，兴建中的新竹清华大学呈一时之盛。
1958年7月，台湾国民党政府“行政院长”俞鸿钧被迫辞职，陈诚再度以“副总统”、国民党副总裁身份兼任“行政院”院长。向来与陈诚友善的梅贻琦被邀出任“教育部长”兼原子能委员会主任，梅坚辞不就，但经不住老友陈诚的一再劝说，最终入阁任职。据浦薛凤回忆说：“梅师卒勉尊政府之命，主持教部。当局深知梅师不愿舍离复校甫始之清华，故嘱仍任清华校长。就职之日，向部中同仁致辞，勉以多记着‘教育’两字，而少注意‘部’一字。意即实事求是，避免推宕拖延之官僚习气。”次年，梅贻琦又兼任台湾“国家长期科学发展委员会”副主席，与主席胡适共同主持制定《国家长期发展科学计划纲领》。一连串的职衔和一摊子事务，梅贻琦来回奔波，简食少眠，终于积劳成疾，身体渐趋不支。1960年5月，梅贻琦因腰痛、发热与肺炎并发症，入住台大医院特二号病房疗治，自此开始了为期两年与病魔斗争的生活。
1960年6月10日，梅贻琦被诊断为摄护腺患癌，施行颈部淋巴腺摘除手术。经病理检查结果，认定是摄护腺癌转移，并且手术后病况急变，很可能危及生命。消息传出，中外人士在震惊之余极表关切，蒋介石、陈诚等分别下令台大医院想尽一切办法挽救与延长梅氏生命。台大医院各科有关医师召开专门会议研究应对方案，并决定以增加抵抗力和控制摄护腺肿瘤进一步恶化为主治措施，以尽量维持到病人亲眼看到自己主持的清华原子炉完成的时刻。6月11日，院方开始对病人进行女性荷尔蒙激素围堵，效果并不显著，梅仍处于生命垂危之中。
闻讯赶来的胡适、陈雪屏、钱思亮、查良钊、浦薛凤等学界要人兼好友紧急商谈，电请梅夫人韩咏华由美赴台予以照拂。韩咏华得到消息，惊惧中匆匆收拾行装飞台。
1951年，当梅贻琦在美国协进社落脚后，夫人韩咏华得此消息，携带两个外孙由香港赴美。此时，儿子梅祖彦正在美国读书，一对老夫妻再度与分别8年的儿子聚在了一起。1943年秋，正在西南联大机械系二年级读书的梅祖彦弃学入伍，被分配到美军驻昆部队当译员，后被派往美国密西西比州一军事基地工作，1946年9月退役复学，进入梅贻琦早年留美时的母校吴士脱理工学院机械系插班就读，1949年以“高才生”（Honors）毕业，入美国伊利诺伊理工学院攻读研究生学位，1950年毕业后，入美国沃兴顿公司任技术员。1954年，在一帮海外中国同学鼓动下，梅祖彦蒙生了回归大陆在共产党红旗映照下建设伟大社会主义祖国的想法。许多年后，梅祖彦说：“此前有不少留学生回到了大陆，并传来了很多解放后的情况。父亲知道我和一些同学也在筹划远行，他虽然未动声色，但显得出心中焦虑。后来还是重视了我自己选择前途的意愿。”梅贻琦一生奉行民主自由，尊重个人意志，对孩子的理想追求不曾干涉，梅祖彦自西南联大弃学入伍如此，由美返回大陆亦如是。当然，随着时转势移，二者又有不同，面对儿子这一新的人生选择，梅的内心痛苦可想而知。当儿子正式决定出走时，向来沉默寡言的梅贻琦以低沉的语调对这位独子说：“你回去是有用的，我就不行了。”又说：“可能没有再见面的机会了。”言毕泪下。梅贻琦一语成谶，自此一别，父子竟成永诀。
梅祖彦离美回归大陆，未久即分配到清华大学任助教，梅贻琦也于翌年赴台湾，韩咏华继续留在纽约独自生活。因梅贻琦赴台后领的是台币，薪水微薄，远不能支持夫人穿衣吃饭，一生倔犟要强的韩咏华开始到外面打工。此时韩已62岁，先是在一家衣帽工厂做工，后转一家首饰店卖货，继之经人介绍到一家医院做护工，最后转到一个盲童学校照料盲童，生活极其艰难。据赵赓飏回忆：民国四十七八年，清华校友阎振兴从美国赴台，说“曾经探望过梅师母，‘生活太苦，赓扬，必须跟梅先生说，设法给师母汇钱，或接她来台湾！’说着阎兄眼中就充满了眼泪”。赵氏把阎校友所说的情况向梅贻琦报告后，梅认为自己在台薪金微薄，无法汇钱照料，而新竹清华校区的建设正在关键时刻，自己还负有“教育部长”的职责，应酬极多，心力交瘁。更为难的是梅贻琦的居处是台北清华办事处办公室，没有自己的私人住房，只有等新竹清华原子炉建成，自己辞去“教育部长”之后才能有安家定居的打算。想不到原子炉尚未建成，“教育部长”仍在任上，就因劳累过度，一病不起，甚至到了生命垂危的边沿。面对此情，只得召韩咏华赴台照料。6月
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