涯海角，支持到一年以上，将来未必绝无希望也。”这封信除了反映出99?傅斯年骨子里永不服输和硬撑、霸道的性格，还明白无误地昭示他心中对南北朝局面形成的希望和尊奉国民党为“正朔”的心理。
事实上，对国共两党形成南北朝局面的预测，并不是一般的官僚政客和自由知识分子的虚妄幻想，据苏联解体后俄罗斯公布的档案资料显示，当时斯大林也有意图让中共与国民党政权划江而治，如“两个德国”或“两个朝鲜”之例，形成“两个中国”，也即南北朝局面。而“文革”时，有人怀疑陈序经1948年任岭南大学校长一职，是当时美国大使司徒雷登授意，目的是破坏中国统一，制造“南北朝”局面。尽管这一怀疑迄今未得到证实，但美苏两个帝国主义大鳄插手国共之争，并打着渔翁得利的如意算盘是肯定的，苏俄帝国主义的滔天罪恶在后来与中共反目成仇时得到了揭露，美帝国主义的罪行在1949年8月18日毛泽东那著名的光辉篇章《别了，司徒雷登》中已说得很清楚：“人民解放军横渡长江，南京的美国殖民政府如鸟兽散。司徒雷登大使老爷却坐着不动，睁起眼睛看着，希望开设新店，捞一把。”遗憾的是，中共采取了背着手撒尿——不理胯下那个小东西的战略战术，司徒雷登新店没能开成，只好强撑起蔫不唧地的小头“挟起皮包走路”。
梅贻琦飞抵南京时，司徒雷登还很神气地挺着脖子对国共双方指手画脚，整个长江以南与西部地区还控制在国民党手中，一个新的“南北朝”轮廓在枪炮硝烟中若隐若现地飘浮于大江两岸。梅贻琦此刻从容南下，除了像陈寅恪一样为了“避秦”，还有一个重要目的，即像抗战初期胡适出使美国是为了将其拖入太平洋战争一样，是为一件“大事因缘”而来——揽住清华在美国的基金。只要基金牢牢掌控在自己手中，便可以此作筹码报效“故国”，而梅氏作为清华校长和“故臣”的名分便得以延续。假如国民党“和谈”成功保住半壁江山，陈寅恪对浦江清说的“清华在南方还是要慢慢设立”的预想，以及梅在南飞前亲口对叶企孙所说到福建或广州等地另建清华的计划便可以实现。只是国民党本身太不争气，兵败如山倒，转瞬间樯橹灰飞烟灭，梅贻琦在福建重建清华的梦想成为泡影，不得不另谋他途。事实上，后来在台湾新竹建立的清华大学，就是这一构想的延续。
梅贻琦飞往南京的第二天，摇摇欲坠的国民政府孙科内阁匆匆任命其为教育部长，梅却坚辞不就，只允任“南来教授招待委员会”委员，暂客居上海老友朱经农家中。对于自己坚辞教育部长的原因，梅在清华同学会上沉痛说道：自己“身为清华校长，把清华弃置危城，只身南来，深感渐愧，怎好跑出来做官？”虽拒绝“做官”，却并未放弃“作事”，梅在南京与上海的短暂日子，尽其全力协助教育部代部长陈雪屏处理当时严重的教育问题。
1949年6月底，梅由广州赴香港，与夫人、孩子短暂相聚后飞抵巴黎，与李书华等五人代表国民政府出席即将召开的联合国教科文组织科学会议，并出任常驻代表。会后在巴黎南郊儒维集（Juvisy）小镇与李书华同居一公寓，未久赴英国伦敦。1949年12月，梅飞抵纽约，同云南籍失意政客缪云台合租贝松生（建筑大师贝聿铭之父）的一所闲置公寓暂住。自1950年起，梅贻琦出任华美协进社（a Institute in America）常务董事。华美协进社乃中华教育基金会驻美机构，清华大学在美的全部庚款基金就由这一机构管理，梅贻琦正是为了他心中的“大事因缘”特别谋求此职，以便实际掌控这笔数目庞大的基金不致因战乱和国内变故而流失。他在离平南飞之际对教务长吴泽霖所说的“我一定走，我的走是为了保护清华的基金”，就指此事。
梅贻琦到协进社后，专门辟出一间办公室负责保管清华基金，自己为自己支付薪水，每月三百元，以维持日常生活。自1951年起，梅在纽约组织“清华大学在美文化事业顾问委员会”，以清华基金利息协助在美华籍学人研究学术，购买美国出版学术期刊赠台湾专科以上学校，同时筹划恢复《清华学报》事宜。其间，梅贻琦借原清华大学经济系教授萧家魁回大陆之机，托其带回一封致清华大学领导人的亲笔信，表示可以用清华基金资助母校图书仪器。因当时环境关系，这封信未及交给学校，此事便不了了之。据说，北平解放初期，清华大学曾收到过从美国寄来的“来历不明”的期刊，很可能是梅贻琦订购赠送，可惜没人当回事而任其流散了。
鉴于当时纷乱的国内国际环境以及梅贻琦的举动，台湾方面频频派人到纽约，以各种名义商谈将清华基金调拨到台湾归政府支配，或请其携带基金利息到台湾为学术机构购买设备仪器，但皆被梅贻琦拒绝。当时管理清华基金的“中华文化教育基金董事会”，主席是随国民党撤退台湾的蒋梦麟，干事长是在美国的胡适，台湾当局见梅贻琦搂紧基金不放，甚为焦虑，又不便强行施压胁迫，遂派蒋梦麟赴美与胡适、梅贻琦等董事会人员协商，最后达成共识并形成了两点结论：
一
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