斯年之好意，值此困难之时，决不辞职，决不迁就，决倍加努力，为学校之进步而奋斗！”
正是这种内外交困局面与本人刚烈不屈的性格，导致傅斯年血压骤然增高，身体很快垮了下来。1950年夏天，傅身患胆结石，不得不到医院做手术。出院时医生劝他至少要在家中休养一周，但台大的事务纷乱如麻，根本无法办到。对此，随国民党赴台的朱家骅曾以十分伤感的心情回忆道：“在他（傅斯年）去世的前几天，闲谈之中，他忽然对我说：‘你把我害苦了，台大的事真是多，我吃不消，恐怕我的命欲断送在台大了。’当时我只以为他因感觉办事的辛苦，而出此苦语。不意数日之后，便成谶言。”
像冥冥中有一种渊薮，傅斯年于心力交瘁中，生命的步伐戛然而止，一头扎进了烟雨迷濛的黄泉古道。其情其景，俞大綵有一段深情的回忆：“三十九年十二月十九日，他去世的前夕，是一个寒冷的冬夜，我为他在小书室中升炭盆取暖。他穿着一件厚棉袍伏案写作。我坐在对面，缝补他的衣袜。因为他次日要参加两个会议，我催他早些休息，他搁下笔抬头对我说，他正在为董作宾先生刊行的《大陆杂志》赶写文章，想急于拿到稿费，做一条棉裤。他又说，你不对我哭穷，我也深知你的困苦，稿费到手后，你快去买几尺粗布，一捆棉花，为我缝一条棉裤，我的腿怕冷，西装裤太薄，不足以御寒。”
傅氏说到这里，俞大綵一阵心碎，欲哭无泪。尽管当时台湾的经济状况极度混乱糟糕，但比抗战时期在昆明和李庄总要好一些，傅斯年作为当时台湾岛内唯一一所大学校长兼“中央研究院”史语所所长，一般人也许觉得他不该再像李庄时代那样闹穷了，殊不知当时傅领的只是台大的一份薪水，时儿子傅仁轨仍在美国读书，他和时任台大英语系副教授的夫人俞大綵两个人的收入，仅能维持最低限度的生活。此前傅斯年拿到一笔报刊文章的稿费，想托卫生署的官员刘瑞恒出差到香港时买一套现成的西服，但把稿费和家里的存款加起来一算，只能买一件上衣。傅斯年只好说：“幸亏我还有没破的裤子，那就只买件上衣吧。”
在这个暗伏不祥之兆的冬夜，正当俞大綵为家中的穷苦生活黯然神伤时，傅斯年起身满脸疲倦地打了个哈欠，突然指着壁上的书架说：“这些书，还有存于史语所一房间的书，我死后留给儿子。我要请董作宾先生制一颗图章，上刻孟真遗子之书几个字。”言毕，长叹一声，一反常态地对俞大綵说道：“你嫁给我这个穷书生，十余年来，没有过几天舒服的日子，而我死后，竟无半文钱留给你们母子，我对不起你们。”俞大綵听到这里，大为惊骇，急忙起身捂住了傅期年的嘴巴，没让他继续说下去。
后来俞大綵回忆这个夜晚的凶兆时说：“我一向不迷信，难道这几句话就是他的遗言？夜深了，窗外吹起一阵寒风，室内盆中的炭已化成灰，我猛然感到一阵透骨的寒冷。”
不数日，当董作宾含泪把稿费送到傅家时，俞大綵双手捧着装钱的信封，悲恸欲绝，泣不成声。用心血换取的稿费到来了，但此时的傅斯年已命归黄泉，不再需要为自己的双腿做御寒的棉裤了。
1950年12月20日上午，傅斯年出席由蒋梦麟召集的农复会的一次会议，讨论农业教育改进和保送台大学生出国深造问题。会上，傅提了不少意见，据现场的人回忆说，他一会儿用汉语讲话，一会儿用英语和美国人交谈，一会儿汉英交杂，滔滔不绝地大发宏论。两个多小时的会议，他讲的话比任何人都多。午饭后稍事休息，傅又于下午2时许赶往省议会厅，列席台湾省参议会第五次会议。这一天，参议会.所质询的问题全是有关教育行政方面的事务。会议开始后，傅斯年登台讲话，但主要由时任台湾省教育厅厅长陈雪屏作答。大约到了5点40分，参议员郭国基突然站出来质询有关台大的问题。这郭国基乃台湾省屏东人，生于1900年，曾留学日本。此人好勇斗狠，在日本留学时，他就开始率领一些志同道合者，打起“苍天已死，国基当立”的大旗或明或暗地搞运动。抗战胜利后，他对国民政府派员接收台湾极不甘心，开始纠集蒋渭川、王添灯等一批人，与以国民政府接收大员陈仪为代表的台湾省行政公署官员公开叫起板儿来，对大陆赴台军政官员极尽丑化、污蔑之能事。尚以铁腕著称的陈仪对台湾人在日治时期的遭遇、命运深表同情，因而保持了克制，迟迟不忍动武，并有些浪漫地一直认为自己的善意总有一天会得到同样的回应。但不久之后情况急速恶化，终于在1947年2月28日因当局取缔私烟的事件，引爆了一场社会暴乱。以台湾土著郭国基、蒋渭川、王添灯等为首的人，召集本岛内部与海南岛等地归台的群众，成立了“台湾省自治青年同盟”、“大同青年同盟会”（服役日军陆军者）、“海南岛归台者同盟”（海南岛归台者）、“若樱敢死队”（服役日本海军自杀艇队员）等组织。而王添灯拟组织台湾省临时民主自治政府，自任主席。各种运动组织一时聚集了十余万众（一说共14万人），联合一处，兵归一家，成立联军，身穿日本浪人服装，其编制一如日本军队，
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