尿病)、脚气病、麻风病等，描述已经非常详细，为世界前列。该书的内容还反映出当时已经能做人工流产(妊娠欲去胎候)、肠吻合(金疮断肠候)、拔牙(拔齿损脉候)等手术。其中肠吻合手术的方法、要点、步骤及术后护理，介绍得详细、合理，与史书粗略记载的华佗治法一致，弥补了华佗手术治法失传的部分缺憾。
自东汉以降，方书盛行，很多医家都留下了宝贵的医疗用药经验，学术影响泽于后世。晋代葛洪所著的《肘后救卒方》，就是其中的佼佼者。它不但切合实用，而且有些内容属世界首创。如有关恙虫病、天花病的描述，用狂犬脑防治狂犬病等，在医学史上占有重要地位。南北朝时曾问世两部很重要的方书，即陈延之的《小品方》和姚僧坦(一作僧垣)的《集验方》。唐代曾将《小品方》列为医生必读之书。可惜二书北宋时即已失传，而唐宋间认为：“古之如张仲景、《集验》、《小品方》最为名家。”唐代孙思邈的《千金方》、王焘的《外台秘要》两部巨著，是集东汉以来临床验方之大成的代表作，标志着唐以前临床医学较高的学术水平。
宋代由于朝廷重视医学，设置了校正医书局，加之文士习医成为风尚，以及活版印刷术的发明，给古医籍的校订、刊行工作提供了良好的条件，所以对古医籍的整理最有成就，很多古代医籍赖此得以流传后世。当时的方书、本草著作也大量刊行。如最早的很有影响的妇科专著《妇人大全良方》、儿科专著《小儿药证直诀》、外科专著《刘涓子鬼遗方》、眼科专著《银海精微》等均问世于宋代。宋人宋慈所著《洗冤集录》为世界上第一部法医学专著，历来受到国际法医学者的高度重视。宋代系统地整理了古代医学文献，并在临床专科治疗方面成绩突出，为金元时期医学各家学派的理论建树打下了良好的基础。
金元时代社会动乱，百病丛生。医者多有“古方难治今病”之感，所以从临床实际出发，对医学理论屡有创新。因见仁见智，遂有医学派别之分，其最杰出的领袖被称为“金元四大家”：刘完素、张从正、李杲、朱震亨各树一帜，他们的“主火”、“攻邪”、“脾胃”、“相火”等学说，打破了宋代医学界尊经、执着的沉闷空气，推动了后世医学的发展。此外，元代骨伤科有较高的水平，这与善骑猎的蒙古族入主中原不无关系。在李仲南的《永类钤方》和危亦林的《世医得效方》中对骨伤科疾病都有详尽的阐发，这部分内容是我国较早的，也是很有世界影响的骨伤科成就。其中麻醉术的施行有具体描述。用悬吊复位法治疗脊椎骨折，属世界首创。
明代医学受金元学术影响很深，但多无门户之见，故学术空气活跃，多有建树。其佼佼者如薛己、孙一奎、张介宾、李中梓等皆是学验俱丰的大医家。他们针对金元以来用药时弊，创立了温补学派，重视人体正气、阳气的顾护。明代本草学成绩斐然，李时珍的《本草纲目》举世瞩目。明末瘟疫多次流行，死于误治的很多，遂有吴有性悉心探究瘟疫病源，著《温疫论》，提出“杂气致病”的理论，为温病学说的产生打开了新的思路。清代，叶桂、吴瑭等人创立“卫气营血辨证”、“三焦辨证”，用以治疗温热、湿热病。在理论和实践上填补了流行性传染性热病治疗问题的空白，至此温病学说形成。天花病约在公元1世纪东汉初即传入我国，危害甚大，死亡率极高。早在明代我国就发明了“人痘接种”的预防方法，但直至清代才得到推广，并传播于海外，这是对世界预防医学的一项重大贡献。18世纪传到英国后，才改进为今天所用的，更为安全的“牛痘接种法”。
明清时代，由于闭关自守，很少接受西方进步很快的自然科学成果，以刺激中医药自身的发展，虽然也有个别医家提倡“中西汇通”，但毕竟直至清末，学术上仍保留着浓厚的尊经复古的局面。这也是我国医药学疾起于先，却没有跟上时代步伐而得到充分发扬的重要原因。