吴国大致相同。不过蜀国在散骑常侍之外，仍设中常侍，均为宦官之任。
魏国新设置的机构有中书省、秘书省。曹操为魏王时曾设秘书令、丞，管理图书秘籍，并负责尚书奏事。文帝时候改秘书令为中书令，又置中书监，并掌机密。中书省即其机构。尚书台负责例行公事。若皇帝有秘密诏书下州郡及边将，则由中书省发出，于是尚书台之权又分之于中书省。中书省属官有中书通事郎(后改中书侍郎，简称中书郎)、中书通事舍人、著作郎、著作佐郎等。此外，又设独立的秘书省，管理艺文图书。长官为秘书监。下设秘书丞、秘书郎、校书等。蜀国设中书郎、秘书令。吴国设中书令、秘书郎。
宫职，魏国太后有卫尉、太仆、少府三卿，沿于东汉。东汉太后三卿位于朝官同名三卿之上，魏改汉制，使三卿位在九卿之下。大长秋为皇后宫官。太子太傅、太子少傅、太子詹事负责辅导太子及太子家事。蜀国设太后卿、大长秋、太子太傅等。吴国也设太后卿、大长秋、太子太傅、太子少傅。孙权对太子官尤其重视，黄龙元年(公元229年)，置太子左辅、右弼、辅正、翼正等都尉，称太子四友。又有中庶子、太子宾客、率更令。晚年以大将军领太子太傅，中书令领少傅。需要注意的是，古代官制中的“友”字，不是朋友的意思，而是指文学侍从一类性质的官员。
魏国武职有各种名号的将军。大将军为最高军事将领，加“大都督”或“都督中外诸军事”的称号，权力尤重。以下有骠骑、车骑、武卫、抚军、领军、四征、四安、四镇、四平等将军。将军府属官有长史、司马、正行参军及主簿等。低于将军的有中郎将、校尉、都尉、护卫等武职。军队分中军(禁军)和外军(地方军)。中军由领军将军或中领军、护军将军或中护军统领。又有武卫、中垒二将军及屯骑、步兵、越骑、长水、射声五校尉。外军由都督诸州军事统领。将军领兵出征，又设监军。蜀国、吴国武职名称与魏国相仿。蜀国还有督中外军事、领军、监军、护军、典军、参军等称号。中领军掌禁军。吴国将军中还有上大将军。禁军由领军将军掌管，沿江及要地皆设都督。
三国地方行政组织有州、郡(国)、县三级。魏国京师所在地称司州，辖河南、河东、河内、弘农、平阳五郡。设司隶校尉。蜀国司隶负责督查京畿，不领益州(治今四川成都市)事。吴国无司隶。一般的州，魏国有十三个，蜀国有两个，吴国有四个，皆设刺史或州牧。州牧地位高于刺史。蜀国以诸葛亮领益州牧，亮死，置刺史。魏国刺史多以持节都督兼任，不以都督兼任称单车刺史。节，指符节，古代使者所持以作凭证。郡设太守、都尉等官。魏国太守领兵加将军称号。其属有丞(边郡设长史)、司马、诸曹掾属。少数民族地区设校尉，有戊己校尉、护羌校尉、护东羌校尉、护鲜卑校尉、护乌桓校尉、西域校尉等。蜀国边郡设都尉。县仍设令、长，属官有丞、尉等。王国、公国、侯国都设相，王国、公国相职如太守，侯国相职如县令。
三国都设置爵位。魏国爵位分王、公、侯、伯、子、男、县侯、乡侯、亭侯、关内侯十等。官员等级分为九品。官分九品自曹魏始。蜀国、吴国的爵位有王、县侯、乡侯、亭侯。