机枪扫射。1949年11月27日的晚上，看守们在院子里焚烧中美合作所的文件，犯人们被带到了楼下的牢房。据幸存者之一回忆：
指挥官到了后，士兵们很快就在牢房前携冲锋枪列队。哨声响了。士兵们把他们的枪插进了牢房门上的方形窗口里开了枪。我们唱起了《国际歌》。有的喊起了口号咒骂蒋介石。开枪持续了约20分钟，直到歌声和喊叫声渐息时才停住。这时又响起了哨声。士兵们绕到后面，穿过后窗又扫射了几分种。指挥官喊了停火。特务们进入牢房，对着囚犯的脑袋开枪。我在一个角落里，冲锋枪的子弹只伤了我的一条腿。对我脑袋开的枪没有击中，我就一动不动地躺在那里。他们以为我们都死了，但30多个人还活着。我们穿过牢房的门，冲到了院子里。约19个人在那儿被枪杀了，但我们14个人从墙洞里逃了出来。
尽管到了那时中美合作所在形式上已不复存在，它的罪迹却被共产党关于歌乐山的最后大屠杀的故事永久化了。1949年11月27日，人民解放军到达的前夕，中美合作所训练和武装起来的警察们枪杀了两个监狱的囚犯，然后把他们的尸体与合作所的文件一起焚毁。就像上海报纸在朝鲜战争期间的反美高潮中说的：“法西斯秘密特务组织的总部中美合作所，由美国海军梅乐斯和中国的‘希姆莱’戴笠联合领导，以美国发明的酷刑和屠杀而闻名。”
中美合作所的训练项目也为后来中央情报局（CIA）资助下的类似秘密特务活动开了先例。毕竟，CIA的运作方式是在全世界训练秘密警察，尤其是六十年代在拉丁美洲。至少有些在巴拿马运河区由“国际发展署”和“美洲学校”主办的公安训练项目发出的回声，与战时美国在华的中美合作所“稻田海军”的经历产生着共鸣。