党内外名声都不大好的军统局负责人、特务头子戴笠，美方副主任梅乐斯又不顾美国当局禁令竭力介入中国国共两党冲突的内政，再加上该所训练的作战人员、警察和特工，获得的美式武器与设备器材，后来都被国民党当局用到了反共内战中，因此，该所便有了一个“扶蒋反共”的恶名。当年曾以美国战略情报局雇员身份在重庆与梅乐斯共过事的美国著名汉学家费正清评论说：“中美合作所确实曾经部署过骚扰日军后方的行动，并为美国海军的登陆做了准备。但中美合作所的弊端在于，当一九四五年国共内战爆发时，它把美援全部用在了国民党一边。这就在客观上意味着美国‘过早地’正式加入了反对中共的活动。这为中国共产党所深恶痛绝，并完全有正当理由把它看作是美国帝国主义的不义行为。”（《费正清对华回忆录》，知识出版社年5月版第256页）
由于这样一些历史的原因，在中美合作所撤销之后，在其原址及其附近发生的监禁、虐待和屠杀政治犯的罪责，便被算到了它的账上。特别是在一九四九年国民党政权在大陆崩溃时发生的对被关押政治犯的集体大屠杀，更被宣传为“中美合作所大屠杀”，使“中美合作所”声名狼藉，成为后来反美、反蒋（国民党）宣传中的一个重要靶子。许多人不再清楚它当初究竟是个什么机构，而只以为它是一个血腥恐怖的集中营了。再加上小说《红岩》及电影《烈火中永生》、歌剧《江姐》等文艺作品的一系列渲染，“中美合作所”作为反面形象的知名度，竟大大超过了同样在重庆而有着更重大历史意义的革命纪念地红岩村。
甚至一些美国人也对中美合作所持怀疑甚至厌恶的态度。美国学者迈克尔·沙勒在《美国十字在中国》一书中就专门写了一章《中美合作所！反革命势力蠢蠢而动》，中译本于一九八二年七月由商务印书馆出版前，这一章曾在《参考消息》上连载，颇有影响（有人在回答对中美合作所历史真相的质询时，就拿此书当作证据）。其?实，书中虽写到梅乐斯利用中美合作所从事“扶蒋反共”活动，但仔细阅读就会清楚，那大多是梅乐斯的个人行为而并不代表美国政府当时的对华政策，同时，书中明确写了，梅乐斯的这种行为一直受到美军驻华战区司令官（先是史迪威，后是魏德迈）和美国战略情报局、美国驻华大使馆及罗斯福总统的代表等多方面的强烈反对和竭力阻止。
本来，在中国社科院一九八八年第三期《美国研究》杂志上，就已发表了当时在重庆歌乐山革命纪念馆编研室工作的邓又平先生（现在重庆市博物馆）所写的《简析“中美合作所集中营”》一文，澄清了许多史实，列举了有力的证据，否定了以往给中美合作所加上的“逮捕、关押、屠杀共产党人和革命志士的集中营”等罪名。但因该杂志发行面窄，一般读者不易读到，再加上小说《红岩》还在不断再版发行，电影《烈火中永生》、歌剧《江姐》还在继续上映和演出，所以中美合作所在许多人印象中还是“法西斯集中营”。
▲中美合作所是“集中营”吗？
重庆歌乐山下的白公馆、渣滓洞，是两座臭名昭著的国民党监狱。之所以臭名昭著，是因为其专门关押政治犯，并且在一九四九年九月至十一月底，面临崩溃的国民党当局对这里关押的以共产党人为主，包括民革、民盟、“托派”及无党派人士（还包括军统局的违纪犯）在内的二百余名政治犯进行了惨绝人寰的血腥大屠杀。长期以来，中美合作所被认为是这两座监狱之上的总名称。
▲中美合作所与白公馆、渣滓洞监狱并不是一回事
白公馆，原为四川军阀杨森部下师长白驹的乡间别墅，一九三九年冬由军统局用做临时看守所。当中美合作所建立时，白公馆看守所奉命将人犯迁往渣滓洞，白公馆房屋则让给美方人员作为住所，名为中美合作所第三招待所。直到抗战胜利后中美合作所撤销，美方人员回国，白公馆才又恢复关押政治犯的职能（后称国防部保密局看守所），主要关押国民党当局认为是“要犯”的较高级别政治犯。如果说在中美合作所设立期间白公馆就是监狱（或集中营），那么，关在里面的犯人是谁呢？难道是那些住在里面的美方人员吗？
渣滓洞监狱，原是因白公馆看守所人满为患而增设，一九四六年底将人犯迁回白公馆后，曾一度关门，后于一九四七年底又重新开张（称重庆行辕第二看守所），主要关押在一九四七年“六一大逮捕”中抓捕的教育、新闻界人士，“小民革”地下武装案被捕人员，川东三次武装起义被俘、被捕人员，《挺进报》事件被捕人员，民革川东、川康分会成员等。
邓又平先生在《简析“中美合作所集中营”》文中列举了他的一个调查统计结果：当年被国民党当局逮捕后关押于歌乐山下的政治犯中，一些人（如叶挺、廖承志、罗世文、车耀先、许晓轩、张露萍等）是在中美合作所建立之前关押于此的，另一些人（如杨虎城、许建业、江竹筠、陈然等）则是在中美合作所撤销之后才关押于此的，对政治犯的屠杀，全都发生于中美合作所撤销之后。邓又平先生得出结论：“中美
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